需批准行政行为的被告为下级行政机关虽然得到了我国最高法院及部分学者的认可，但是，这一做法存在着较为明显的弊端。上级行政机关的意思表示在需批准行政行为中得到了体现，但上级行政机关却不是行政诉讼的被告，因而其也不需要承担相应的法律责任，这显然是不合理的。
（二）需批准行政行为的复议被申请人的认定规则
如果说需批准行政行为的被告应当是下级行政机关是以我国的行政主体理论为依据所推导出来的必然结论的话，那么《行政复议法实施条例》规定应以批准机关作为复议被申请人的依据又何在呢？有专家对此作出了解释：“从行政诉讼的角度讲，规定由盖章机关为被告的最大好处是，可以降低被告的‘层级’，‘减少’行政诉讼的阻力和难度。但从行政复议的角度讲，参照适用这一规定的直接结果，就是复议机关往往就是批准机关，甚至是批准机关的下级行政机关。在这种情况下，通过行政复议审查本机关，甚至上级机关批准后作出的具体行政行为，其阻力和难度是可想而知的，行政复议很有可能形同虚设。[10]显然，该解释主张“以批准机关作为复议被申请人”这一规定是从切实发挥复议作用的角度出发而作出的务实的规定，但这一解释并未从理论上作出更多的说明。
事实上，《行政复议法实施条例》规定“以批准机关作为复议被申请人，除了上述的解释之外，还有另一原因，即如果在行政复议中确定以下级行政机关作为复议的被申请人，还可能导致复议机关与批准机关之间的权限发生冲突。因为在我国，对于政府的职能部门而言，基本的行政体制乃是双重领导，即一方面接受本级政府的领导，另一方面又接受上级主管部门的领导。与此体制相对应，当接受双重领导的政府职能部门作为复议被申请人时，复议机关也有两个，一个是本级政府，另一个是上级主管部门。如果在需批准行政行为中，由下级行政机关作为复议被申请人，一旦复议申请人选择将下级行政机关的本级人民政府作为复议机关时，就极易出现复议机关和批准机关的权限相互冲突的情况。因为常态情况下，复议机关可以撤销或改变复议被申请人的行为，但由于需批准行政行为又经过了复议被申请人上级主管部门的批准，因而复议机关如果撤销或改变被申请人的行为，则等于是否定了复议被申请人的上级主管部门的意思表示。而根据我国的行政体制，作为本级政府的复议机关显然无权处理作为批准机关的上级主管部门的行为。
正是基于上述原因，《行政复议法实施条例》规定应以批准机关作为复议被申请人，以避免需批准行政行为的复议机关和批准机关发生权限冲突。该规定在一定程度上否定了我国传统的行政主体理论重视。“名义”在确定行政复议被申请人中的作用，而是根据主体在意思表示作出中的地位来确定复议被申请人，即以在意思表示作出中起决定性作用的主体为复议被申请人。但是，对于这种做法，也有学者提出了质疑，认为“需上级指示的行政行为，不应以指示机关为行政复议的被申请人，而应当以在对外发生效力的文书上署名的下级机关为被申请人，即对外承担责任的主体。这样，行政复议中的责任主体与行政诉讼中的责任主体就得到了统一。”[11]那么，需批准行政行为在复议中的被申请人和诉讼中的被告应该如何确定呢？
