为了确保这些条款期望的相互支持关系的实现，拟议中的有关GHG减排的国际部门协定应该以一种顾及WTO相关义务的方式予以设计，同时在符合有关环境保护的措施规则所提供的灵活程度内运作。然而，MEAs中与贸易相关的条款在某些情形下可能会与WTO义务发生冲突。
可否以MEA为理由抗辩对违反WTO法的指控，目前尚有争论。著名国际法学家J. 鲍威林（Joost Pauwelyn）指出，“WTO成员若同时属于某非WTO协定--例如MEA--的成员，它就可以援引此一MEA条款作为抗辩理由，作为反击违反WTO法的指控的事实根据”[1]。西方学者G. 马尔考（Gabrielle Marceau）争辩说：“这是有可能发生的。因为WTO专家组不得增加也不得减少WTO协定对WTO成员设定的权利与义务”[2]。虽然当两者冲突时MEAs是否当然优先于WTO规则适用，尚无定论，但是普遍接受的观点是前一类协定对于解释WTO义务可以发挥重要作用。[3]截至目前，无论是《联合国气候变化框架公约》、《京都议定书》还是其它含有特定贸易义务的MEA，都没有引致WTO争端。不过，鉴于有关GHG减排的国际部门协定有影响诸多部门和巨额贸易流量的潜力，因此确有必要考察WTO规则允许其成员执行根据此类国际部门协定承担的贸易义务的范围与程度。WTO成员已经承认有必要澄清MEAs下的与WTO规则下的特定贸易义务之间的关系问题。这一点反映在以下事实当中--2001年《多哈部长级会议宣言》发起了此轮回合的多边贸易谈判，就把这个问题列入了议程，希望谈判解决。WTO成员对之作了诸多探讨，不过，迄今无果而终。由于谈判并没有澄清有关WTO规则与MEAs下特定贸易义务之间的关系，所以，本文认为我们可以参照WTO专家组和上诉机构的解释意见来考察WTO相关条款，必定会获得有益的启示，可以较准确地理解WTO法对那些以保护环境为目的的贸易措施所施加的纪律和约束。
在有关GHG减排的国际部门协定中运用贸易措施的政策空间到底有多大是WTO法预留的呢？由于WTO从未处理过MEAs下特定贸易义务争端，迄今无判例法规则可循，因此，这个问题的答案不得而知。为此，我们对两类义务的冲突的分析必然要基于类比与拟议中的法律解释。
有关GHG减排的国际部门协定如果含有影响国际贸易的条款，WTO规则与之在多大程度上兼容，取决于此类协定中特定条款的设计与适用。有三类与贸易相关的措施最有可能在有关GHG减排的国际部门协定中得到应用，也即：（1）税或费--以“国境调节税”或国内“碳税”的形式征收；（2）放弃排放额度换取进口条件；（3）利用GHG排放标准作为技术规章。这些特定的贸易义务是为了吸引第三国参与合作而创造的激励因素或为了那些在涵盖部门中处于竞争劣势地位的企业而采取的矫正行动。这是因为这些企业因承担了减排承诺而不得不面对较高的调整成本。非成员国中相同产业部门的企业因无须承担减排义务可以低成本生产。这样，成员国国内企业就会处于竞争劣势地位。因为国内企业必须与价格低廉的进口货物展开竞争。其后果是：那些参加了国际部门协定的国家就很可能希望在此类协定中运用此种贸易措施以“平衡”竞争平台。另外，对发展中国家的特殊照顾也将纳入差别待遇条款，由此不得惩罚那些未达到减排目标的发展中成员国。
