尽管如此，这些带有排除性后果的鉴真规则，对于侦查和公诉工作的成功也构成了法律障碍，对于法官在采纳实物证据方面的自由裁量权也产生了一定的限制和规范作用。令人担忧的是，新颁布的刑事证据规定确立了鉴真制度，提出了对实物证据的真实性加以鉴别的要求，却没有设置具有可操作性的鉴真方法。换言之，依靠司法解释所确立的鉴真方法，法院很难对实物证据的真实性和同一性进行有效鉴别。如何确保鉴真的理念通过具体可行的方法来加以贯彻，将是困扰中国刑事证据规定得到有效实施的原则问题。
首先，在未来的刑事司法实践中，直接和言词审理原则的确立将成为影响鉴真制度有效实施的“瓶颈”问题。
根据直接和言词审理的原则，法官应当直接听取证人、鉴定人、被害人的当庭陈述，并给予控辩双方对其进行当庭发问的机会，其当庭证言经过双方质证并经过法庭审查核实后，才能作为定案的根据。[21]但是，这一原则在中国司法实践中并没有得到有效的实施。对于侦查人员所作的证人证言笔录，公诉人一经提交法庭，法庭即确认其证据能力。即便在极个别情况下，证人亲自出庭作证，法庭也会将其证言笔录与当庭证言一视同仁，对其证据能力不持异议。甚至在大多数情况下，对于这种庭前证言笔录的证明力，法庭可以直接予以采信。[22]
在实物证据的鉴真问题上，司法解释明显倚重各种笔录证据的印证作用。但是，无论是勘验、检查笔录，证据提取笔录还是搜查笔录、扣押清单，都不过是侦查人员对其提取实物证据的过程所作的书面记载而已。仅仅依靠这些笔录的验证，实物证据的鉴真就不可避免地带有形式化的验证性质，而难以对这些证据的真实性和同一性做出实质性的审查和确认。尤其是在某一笔录证据存在争议的情况下，实物证据的持有人、收集者、制作者、保管者几乎都无法出庭作证，无法接受控辩双方的当庭盘问，难以接受法官的当庭询问。法庭不得不仅凭一纸书面笔录来审查实物证据的保管链条。很显然，实物证据的真实性一经成为各方争议的对象，法庭就很难对此做出令人信服的判断。
其次，在中国现行的公、检、法三机关“分工负责”的刑事司法体制之下，侦查活动不仅游离于法庭审判程序之外，而且不必承担支持公诉的责任，这使得侦查人员的出庭作证问题变得尤为困难。[23]
而实物证据的鉴真过程中，侦查人员所制作的勘验笔录、检查笔录、证据提取笔录、搜查笔录、扣押清单、辨认笔录等经常成为控辩双方争议的对象，侦查人员自行搜集的视听资料和电子证据在真实性方面也经常面临异议。除了那些实物证据的持有人、见证人以外，在整个证据保管链条的证明方面，侦查人员其实承担着主要的责任。假如侦查人员只是简单地制作书面笔录，公诉方也只是将其书面笔录提交给法庭，那么，诸如“独特性确认”、“保管链条的证明”等鉴真方法，就根本难以实施。而在刑事司法实践中，无论是对从事勘验、检查、搜查、扣押的侦查人员，还是对那些主持辨认、制作视听资料的侦查人员，法庭都无权传召其出庭作证，难以使其当庭接受各方的盘问和对质。侦查人员也几乎不必通过出庭作证来承担支持公诉的责任。结果，那种要求侦查人员对实物证据的保管链条承担说明责任的鉴真制度，就失去了有效实施的基础。
再次，在实物证据的采纳方面，法官通常拥有较大的自由裁量权。
在证据的举证、质证和采纳方面，法官拥有较大的自由裁量权，这是中国刑事司法实践存在的一个突出问题。这种自由裁量权不受规范和限制的显著标志，在于法庭不允许控辩双方对证据的真实性、相关性或合法性展开充分的质证和辩论，并在是否将某一证据采纳为定案根据的问题上，法官极少在裁判文书中提供必要的理由。在不少案件的审判过程中，面对控辩双方对某一证据所发生的争议，如不一致的证人证言、反复翻供的被告人供述、明显违背常理的“鉴定结论”等，法官不论是予以采纳还是将其排除，都缺乏一个令人信服的标准。而在实物证据的来源、收集、提取、保管等环节的证明问题上，法官假如仍然拥有如此大的自由裁量权，而不增强证据采纳过程的公开度和透明度，那么，实物证据的鉴真过程就有可能流于形式，有关鉴真的证据规则也将形同虚设。尤其是对于公诉方的实物证据，即便在其真实性和同一性面临合理质疑的情况下，法官依然将其采纳为定罪证据，那么，鉴真制度势必会成为法官任意采纳公诉方实物证据的一种托词。
最后，非法证据排除规则在实施上所面临的诸多难题，也同样会困扰着鉴真制度的有效实施。
在实物证据的鉴真方面，新的司法解释也确立了一些非法证据排除规则。诸如来源不明的物证、书证，送检材料来源不明的鉴定意见，在制作和取得方式上存有异议的视听资料等，都可能成为法庭排除的对象。但是，即便是对那些通过严重违法手段所获取的“非法证据”，如刑讯逼供所获取的被告人供述等，法官尚且都难以否定其证据能力，更不用说这种仅仅在鉴真程序方面存在缺陷的实物证据了。[24]非法证据排除规则所面临的诸多方面的困难，对于鉴真规则的实施有可能产生一些消极的影响。
例如，法官普遍担心，仅仅因为证据是通过非法手段获取的就将其排除于法庭之外，会导致真正有罪的人逍遥法外。同样，一种实物证据仅仅因为在鉴真环节存在瑕疵，就否定其证据能力，甚至因此导致有罪的被告人逃脱法网，这也会为法官所无法接受。又如，对于被提起公诉的案件，法院在宣告无罪方面正面临着越来越大的压力和困难。而一旦排除非法证据，公诉方指控犯罪的证据体系势必会受到削弱，这就势必增加定罪的难度。对于那些违背鉴真程序的“非法实物证据”，假如仅仅因为其真实性无法得到验证就将其予以排除，这也有可能导致控方的指控被推翻。而这一因为适用排除规则而宣告无罪的做法，很难为法院所接受。再如，与证据的合法性、证据能力相比较，法官更为重视证据的真实性、证明力。一个通过非法手段所获取的“非法证据”，只要在真实性上是没有问题的，法院通常照样将其采纳为定案的根据。这也是为什么中国的司法解释屡屡强调非法证据排除规则主要适用于言词证据而一般不适用于实物证据的原因。而那些无法通过鉴真程序的实物证据，充其量只是在真实性、同一性上存在风险而已，而并不必然属于不真实、不可靠的证据。在此情况下，要期待法官仅仅因为实物证据来源不明、收集不规范、保管不完善等就将其排除于法庭之外，很可能是不切实际的。
