1.债权人、债务人和出资人
债权人、债务人和出资人是我国破产法规定的重整申请主体，当然也具有申请合并重整的权利，但仅依靠这些主体申请合并重整，可能存在因他们自身利益决定的局限性。
债权人对获得公平清偿的要求最为强烈，对债务人的经济状况有一定把握，因而具有申请合并重整的积极性和可能性。但多数债权人可能对实体合并规则的功能不甚明了，不知道自己所享有的程序权利；或者对于关联企业的情况处于严重的信息不对称地位，既不知申请合并的对象，也缺乏必要的举证能力；还有一些债权人仅关心一己之利，不考虑重整全局，因此不愿花费时间和精力去申请。关联企业中清偿率较高的成员企业的债权人必然不愿意实质合并，降低自己既有的受偿率。而清偿率较低的企业有可能还未进入破产程序，其债权人无法及时提出合并申请。这些障碍导致在实体合并的适用条件已经具备的情况下，债权人中可能无人主动提出合并重整的申请。
债务人对自身的经营状况、财产状况和清偿能力最为了解，对于关联企业内部不当关联交易以及特有的组织运作模式有较深的认识，具有申请启动合并重整程序的有利条件。实质合并能够避免硬性分离资产的繁琐过程，使得债务人可更为方便地摆脱债务危机，促进企业重整再生，债务人具有提出申请的动力。但是，合并重整程序必然涉及到对各债务人原有违法行为的认定，可能会产生法律责任问题，从而使债务人却步，而对那些本想利用关联关系进行虚假或欺诈破产、实现不正当利益的债务人来说，指望其自行申请是几乎没有可能的。
我国破产法规定出资人享有重整申请权，这主要是为解决部分出资人希望申请企业重整，而在其他出资人控制或钳制下的债务人权力机构不申请重整情况下其权益的保护[4]（P．349）。同时破产法对于出资人的重整申请还规定了两项限制：其一是要求出资额须占债务人注册资本额的1/10以上，其二是将出资人的申请时间限定在债权人提出破产清算申请并为法院受理之后。笔者认为，最低持股比例的限制符合国际上的一般立法规定，是对滥用申请权的防范，也应当适用于出资人的合并重整申请；但对申请时间的过分限制则不利于重整时机的把握，应当允许出资人在债务人不提出重整申请的情况下，与其他申请人一样直接对关联企业申请合并重整。不过实践中，由于出资人可能存在对实质合并后法律责任追究的顾虑以及对不当利益的追求，其申请合并重整的可能性也是较小的。
鉴于上述种种障碍，如果仅允许这三类主体提出合并重整申请，可能难以满足司法实践的要求，使实质合并原则难以得到有效运用，因此为保障关联企业合并重整制度顺利实施，笔者认为，有必要赋予管理人以申请权，并考虑在特殊情况下允许法院依职权启动合并重整程序。
2.管理人
管理人应有提出合并破产或重整的申请权。破产或重整申请受理后，管理人全面接管破产企业，经过对债务人财产、债权债务等情况的尽职调查，对债务人企业的整体经营状况有较为深入的了解，管理人的专业知识使其对实质合并原则的效用也有更为清晰的认识。合并重整能够减少管理人的工作量，免于对混同资产的权属划分和各项债权的归属认定，有助于保障债权人公平受偿、促进重整成功。因此，管理人具有提出合并破产或重整申请的动力与能力。联合国《破产法立法指南》也认为，管理人应有提出合并破产或重整的申请权。在我国已有案例中，如特毅系合并破产案、湖南太子奶合并重整案，均是由管理人提出合并重整或破产程序申请的。管理人在提出实质合并请求方面，可以起到至关重要的作用，必须予以充分重视。
3.法院
目前我国破产法在破产程序启动即破产案件受理问题上，采取申请主义的原则。人民法院须依据当事人等的申请启动破产程序，无人申请时，人民法院不得自动启动破产程序[4]（P．59）。但法院依据职权启动关联企业的合并重整程序与启动破产或重整程序的性质是不同的。它往往不是启动对一个企业的破产或重整程序，而是对已经启动的几个关联企业的破产或重整程序进行实质性合并审理，应属于对破产案件的审理方式范畴，其称谓与其说是合并重整程序，不如说是重整合并程序。所以，在特殊情况下由法院裁定对关联企业进行合并破产或重整并不违背破产法规定，也符合民事诉讼法关于“案件合并审理”的相关规定。
但由于对关联企业进行合并破产或重整会对当事人的权益产生重大影响，所以必须慎行。联合国《破产法立法指南》指出，虽然在有些国家，法院可以自行下令进行实质性合并，但由于这类命令将会产生严重影响，所以其认为，通常法院不宜依职权启动实质合并程序。笔者认为，虽然在我国的实践中，法院依职权启动实质合并程序已有成功的案例，如沈阳欧亚集团破产清算案、浙江纵横集团重整案，但由于目前立法对此缺乏明确规定，所以在有其他替代方式可以启动合并重整程序时不应采用。法院在发现关联企业之间存在应适用实体合并规则的情况时，应当积极行使诉讼指导职能，向相关利害关系人释明实体合并规则的适用条件，以保障当事人对破产程序的知情权和处分权，并使其可以及时提出合并重整申请，尤其是可以敦促管理人提出合并重整的申请，以达到合并重整之目的。
