1.谨慎适用原则
实质合并原则的适用是对公司法人独立人格的否定，而公司的独立性是公司法的核心原则，除特殊情形外应得到尊重。此外，实质合并可能会与债权人的诸多权利如投票权、分配权以及优先权等相冲突，而这些权利是破产法所规定的债权人法定权利。由于对实质合并的相关因素进行考量，通常都是一种事后的分析，从而使得当事人对此完全不能进行事前的预测。因而无论是从尊重公司独立性这一基本公司法原则、保护债权人利益出发，还是从法律的稳定性和可预测性出发，都应当慎用实质合并[3]（P．124）。谨慎适用是我国在进行实质合并破产时应采纳的原则，要严格限定适用条件，不能轻易打破现有基本法律制度，应当排除仅仅为简化程序、减少工作量或满足债权人期待为目的的合并处理，否则会造成对法人财产独立原则的根本性冲击。
美国第三巡回法院在2005年审理Owens Corning一案中，强调了5个确认可以实体合并的原则，充分体现了对实质合并的谨慎适用：（1）尊重公司的独立性而限制责任的跨越，是法律“最基本的原则”和商业市场的通常预期，因此，除非在不得已需要依靠衡平法的作用时才适用实体合并；（2）实体合并的损害应当是由于债务人（及其控制的公司）漠视各个公司的独立性所导致的；（3）有利于案件管理（法院通过合并简化清算工作）不能成为适用实体合并规则的惟一理由；（4）由于实体合并规则是极端的（extreme）和不确切的（imprecise），应当在考虑和否决了所有其他救济手段之后采用；（5）实体合并规则可以作为防御性手段使用，以此来救济母子公司实质同一所导致的损害，但不能成为进攻性手段使用，如出于改变某一群体债权人利益的目的。（注：In re Owens Corning，419 F．3d 195（3rd Cir．2005）．）
据此，法院在涉及关联企业的破产问题时，应当引导申请人优先适用其他规制不当关联关系的救济手段，只有在独立清算或重整将使部分企业处于无法清理状态且显失公平时，实质合并才能作为必要的处理手段加以使用。（注：据此，司法界产生了一种将法人格否认设置为优先程序的解决思路，认为应当规定债权人对关联企业申请实体合并破产之前，必须先提起法人格否认之诉。笔者认为法人格否认和实质合并都是解决关联企业破产问题的手段，应当根据不同情形选择适用。而设立前置机制不但过于机械，限制了实质合并的适用范围，而且无法解决两种手段之间的衔接转换问题，缺乏可操作性。）
2.维护整体利益和实质公平原则
破产程序的实施宗旨，是要保证债权人的公平清偿和对债务人正当权益的合理保护，并进而实现对社会整体利益的维护。破产法为人们提供了保障债务关系公平、最终实现的法律途径。从对债权人的保障看，它不在于满足个别债权人的利益，更不是要使债权人获得全额清偿，而是要做到对全体债权人公平和有秩序的清偿[4]（P．5－18）。“实质合并”是基于实质公平原则，为公平、有序清偿各关联企业债权人而产生的法律原则，其内涵除了贯穿于一般破产程序中的公平外，更重要的是体现了对全体债权人的利益平衡和整体保护。有学者将“合并是否能够弥补损失，使集体债权人受益[5]（P．124）”作为法院综合考虑是否进行实质合并的因素之一。在关联企业实质合并后，一些资产优势企业的清偿率会下降，甚至被牵连进入破产程序，使该企业本身及其债权人利益受损，但导致各企业间出现资产优劣差异情况的根源，正是关联企业先前的破坏公平交易关系之违法行为。为保证对关联企业全体外部债权人的公平清偿，实质合并后实行统一的清偿率正是对原违法行为的纠正，而且避免了认定众多个别无效行为或可撤销行为，降低追回财产的高额成本，体现了保护债权人整体利益，实现实质公平的立法宗旨。
相对于清算程序对公平的单一要求，在重整制度中，效率与公平价值目标既是相辅相成，又是相互制约的。重整制度必须能够平衡复杂而多元的甚至相互冲突的利益关系，它是一把双刃剑，如果制度设计或执行不合理，可能会招致滥用，甚至产生与立法目标背道而驰的结果。因此对于关联企业的合并重整需全盘考虑，在努力消除破产原因，提高企业营运价值的同时，必须确保对债权人整体利益的保护，达到利益平衡。
3.效率和经济原则
重整制度是私法与公法融合的产物，实现了私权本位和社会本位的调和。重整制度不仅仅着眼于包含在企业中的各方当事人利益，而且着眼于企业在社会经济生活中的地位及其兴衰存亡对社会的影响[6]（P．222）。因此合并重整制度中包含的经济性更强，其效率价值目标决定了必须通过合理的制度设计，有效地配置各种资源，包括企业资源、司法资源和管理人资源等，最大程度的化繁为简，缩短期间，降低成本，提高效率。法律不改变博弈本身，但改变博弈的均衡结果，通过合并重整的制度引导，可以同样的资源基础获得企业更高的重生成功率，为社会挽回损失和创造价值。
