在国际税收专约争议解决机制中，不存在专门负责争议解决的国际机构是国家税收主权没有受到影响的重要体现。国家把其与其他国家之间的争议提交给国际机构或独立的第三方解决，可以说是国家对主权的一种让渡。而由国际机构或独立的第三方解决与本国有关的争议也可以说是对有关国家主权的一种侵蚀。美国之所以在1994年就是否接受WTO争端解决机制产生了一场大辩论，就是由于一些国会议员担心将美国与其他国家的贸易争端提交WTO争端解决机构（DSB）解决会损害美国的主权。杰克逊教授反复强调美国这场大辩论的实质和关键就在于权力分配，也说明了由国际机构掌握与国家事务有关的决策权力即可构成对国家主权的侵害。[16]其实，根据国际税收专约“相互协商程序”条款的规定，有关国家主管当局之间达成协议的可能性往往并不是很大。“一项共同协议的达成，在很大程度上取决于国内法律赋予主管当局可做让步的权力。”[17]然而，在很多国家，立法者并不愿意赋予税务主管当局自由处置权以通过与另一国税务主管当局协商的方式来解决与个人或公司的纳税义务有关的国际税收专约争议。[18]从一定意义上说，国际税收专约争议的解决方式几乎完全是缔约国自身的选择，因而可以充分地保障国家的税收主权。
2.争议解决方式
国际税收专约争议难以通过法律的方式解决是国际税收专约争议解决机制的又一重要特点。在缔约国国内，可能会发生纳税人与税务当局之间的诉讼，但这种诉讼属于国内诉讼，而不是关于国际税收专约争议的诉讼，其所解决的争议是国内税收争议，而不属于国际税收专约争议。[19]由于国际上并不存在负责解决国际税收专约争议的专门机构，因此，就国际税收专约争议而言，目前也就不存在通过国际法律诉讼的方式对争议进行解决的可能。美国学者亨金曾指出：“在各国的关系中，文明的进展可以认为是从武力到外交，从外交到法律的运动。”[20]通过诉讼方式解决条约争议一方面可以说是文明进步的成果，另一方面也可能对国家主权造成影响。第二次世界大战以后，国际经济法得到了快速发展，WTO成为世界的经济联合国，也成为国际贸易争端解决的权威机构。原来许多属于国家主权范围内的贸易事项现在已成为WTO的调整对象，国与国之间的贸易争端也越来越需要在DSB通过诉讼解决。这种国际贸易争端的诉讼解决方式虽然不能被认为是对国家主权的否定，但确实在一定程度上严重影响了国家主权。国际税收专约争议不存在诉讼解决的可能，也说明了国家税收主权不会受到国际税收专约争议解决机制的影响。
如前文所述，仲裁对国家主权也可能构成一定的影响和限制。但是，通过现有国际税收专约仲裁条款的设计，我们不难发现解决国际税收专约争议的仲裁与传统的仲裁存在很大不同，甚至可以认为其并非真正的仲裁；而且从目前看，在相当长的一段时期内，此种仲裁也很难付诸实施。如前所述，现有国际税收专约关于仲裁的规定并不是作为独立的一条被纳入国际税收专约之中的，而是作为一款被纳入“相互协商程序”之中。《OECD范本》也不是在“相互协商程序”之外规定一个专门的“仲裁程序”，而是在第25条“相互协商程序”的框架内新加入了一款。由此可见，OECD并非意欲采用一种全新的、颠覆性的争议解决方法。根据现有国际税收专约仲裁条款的设计，有关国家主管当局之间的“相互协商程序”是提起仲裁的必要前置程序，纳税人不可直接要求仲裁。有关国家的主管当局也不可直接要求启动仲裁，只有在相互协商没有达成协议或所达成的协议并未解决所有问题时，才可要求启动仲裁程序。根据《OECD范本》第25条的规定，只有有关国家的主管当局在启动相互协商程序两年后不能全部达成解决争议的协议时，争议的未决问题才可能被提交仲裁。《OECD范本》注释还详细规定，如果有关国家的主管当局未留有任何未决问题，则不能将案情提交仲裁，任何一国的主管当局不能单方面决定结案，所涉纳税人也不能要求对未决问题进行仲裁；如果有关国家的主管当局一致认为已经结案，没有未决问题，即使所涉纳税人认为主管当局已经达成的协议并没有正确地解决争议，也不能提交仲裁；被提交仲裁的事项只能是争议中未达成协议的某个特定问题，而不是全部争议，已经达成协议的那部分争议不能被提交仲裁。
