2.重新鉴定职能管辖，实行中国式的“检警一体化”，理顺侦诉关系。
人民检察院公诉权的本质是对犯罪的追诉权。从程序意义上说，侦查是公诉的准备阶段，提起公诉是公诉的完成阶段。公诉权应当包含侦查权。侦查权较之公诉权来说，应当处于权力的下位。我国刑事诉讼制度具有较强的大陆法色彩，而大陆法系国家在侦诉关系上多实行检警一体化制度，这值得借鉴。本编对刑事诉讼中职能管辖的范围重新作了界定：“对刑事案件的侦查，由人民检察院负责进行。人民检察院根据法律的规定，可以授权公安机关在一定范围内进行刑事案件的侦查。”从而确立了检警一体的制度，并在相关编章对检警一体化的具体运用进行了规定。通过将侦查权赋予人民检察院，同时人民检察院授权公安机关进行侦查这样的立法设计，既统一了侦查权的归属，又明确了公安机关进行侦查的法律依据，理顺了侦诉关系。
3.调整级别管辖制度，规定最高人民法院不再管辖第一审刑事案件。最高人民法院的定位应当侧重于审判指导和审判监督，不宜管辖第一审刑事案件。从司法实践来看，最高人民法院管辖第一审刑事案件也没有实际意义。建议稿在不再规定最高人民法院管辖第一审刑事案件的的同时，对它的审判指导和审判监督职能作了相应加强。
4.确立了完整意义上的“辩护原则”，对辩护制度进行了重大改革。现行刑事诉讼法第11条实质上只规定了被告人在审判阶段有权获得辩护，而犯罪嫌疑人、被告人有权获得辩护是刑事诉讼中最重要的基本原则之一，应当在整个刑事诉讼过程中得到强调和贯彻。建议稿规定：“在刑事诉讼中，犯罪嫌疑人、被告人有权获得辩护。”从而确立了完整意义上的“辩护原则”。同时，针对我国司法实践中律师辩护难和犯罪嫌疑人、被告人权利保障不足的状况，建议稿对辩护制度进行了许多重大改革，如规定犯罪嫌疑人、被告人有权随时委托辩护人；将提供法律援助的时间提前到侦查阶段；律师在侦查阶段享有调查取证权；辩护人有权在不被监听、不经检查和完全保密的情况下，在执法人员能看得见但听不见的环境中会见犯罪嫌疑人、被告人等等。
5.改革了强制措施制度，使其更为科学合理。建议稿规定了四种强制措施即拘传、逮捕、取保候审和羁押候审。从司法实践来看，现行刑诉法规定的“监视居住”适用率很低，而且该措施与变相拘禁之间的界限很难把握，容易演化为变相拘禁，侵犯犯嫌疑人、被告人的合法权益，保留该措施没有实际意义，因此建议稿将其取消。建议稿中的“逮捕”，内涵已发生实质性改变，逮捕只是羁押的前提，是一种强制到案措施，并不必然产生羁押的效力，即实行“逮捕前置主义”。由于逮捕的法律内容已经涵盖了拘留，故取消了“拘留”这一强制措施。为了明确逮捕后决定羁押这一措施的法律性质，特创设了一种新的强制措施“羁押候审”。由于羁押这种强制措施本身的严厉性，如果运用不当会给被羁押人身心带来很大的损害，因此，建议稿规定实行逮捕决定权与羁押决定权分离的“捕押分离”制度，将逮捕决定权赋予人民检察院，而羁押决定权赋予预审法官，逮捕之后由预审法官对是否应当羁押进行审查决定。为了有效保护被羁押人的合法权益，及时发现羁押中存在的问题，避免非法羁押，建议稿设计了“羁押复查”制度，规定：“在羁押候审期间，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、辩护人可以申请预审法官或者庭审法官复查是否应当撤销羁押令或者准予取保候审。犯罪嫌疑人、被告人未申请复查的，自羁押之日起每隔两个月，预审法官应当依职权进行羁押复查。”
