建议稿将侦查程序单独设为一编，主要着眼点在于：侦查程序是公诉案件诉讼活动的基础性阶段，建构科学合理的侦查程序对于刑事诉讼活动的有效进行，对于保护犯罪嫌疑人的合法权益，保障无罪的人不受刑事追究，具有重要意义。本编在结构上，“立案”不再作为一个单独的诉讼阶段，而是作为侦查机关启动侦查程序，开始刑事诉讼活动的一个步骤，这样处理似更符合“立案”这一诉讼行为的性质。同时由于侦查机关在实施侦查行为的过程中，容易发生侵犯犯罪嫌疑人合法权益的情况，本编重点对各种具体侦查行为作了较为详尽的规定，尽可能做到兼具可操作性、合理性和规范性。
建议稿在起诉和审判之间增设了一个预审程序，并将起诉和预审作为一编。本编针对我国现行起诉制度存在的不足和司法实践的实际需要，对起诉制度进行了较大的改造。同时通过建立预审制度，加强了庭前司法审查，使起诉程序与审判程序的中间环节衔接更为紧密合理。
建议稿的“审判”编，对审判程序的基本内容如审判组织，一审、二审，死刑复核，审判监督等进行改革设计，并与改造后的审前程序在结构上合理衔接，协调一致，克服了现行刑事诉讼法仅在庭审程序中一定程度上引进了对抗机制，但与仍是职权主义的侦查模式和起诉方式不相协调的结构性缺陷。此外，本编在审判监督程序一章中创设司法弹劾制度一节，用以加强司法监督，对于健全司法官责任制具有开拓性意义。
建议稿第六编为“执行”程序。作为与审前程序、审判程序鼎立而三的审后程序，是刑事诉讼法一个重要组成部份。本编对现行刑事执行程序中存在的缺陷进行了完善，旨在保障国家刑罚权得以有效实现。
四、“再修正”案建议稿对具体程序制度的构建
建议稿对具体程序制度的设计，始终围绕实行“审判中心主义”和“检警一体化”的基本思路，充分借鉴国外先进的制度和做法，结合我国的历史经验和具体国情，在总则、证据和诉讼程序各部分都作了许多改革创新。
（一）总则部分的几项重大改革
1.规定了完整意义上的程序法定原则和无罪推定原则。“程序法定”是大陆法系刑事诉讼中的一项重要原则，该原则不仅适用于参与诉讼的国家专门机关，也同样适用于诉讼参与人。建议稿总则规定：“人民法院、人民检察院及其它侦查机关、刑罚执行机关、诉讼参与人进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。”这样规定，使得程序法定原则的效力及于所有参与刑事诉讼的国家机关和诉讼参与人，符合刑事诉讼法的现代精神。无罪推定原则的核心内容是在法院依法判决有罪之前，应将犯罪嫌疑人、被告人当作无罪的人看待。建议稿总则规定：“任何人在未经人民法院依法判决有罪之前，应被视为无罪。”强调“应被视为无罪”而不再采用现行刑诉法第12条规定的“不得确定有罪”，以真正体现无罪推定思想。同时在后面的编章中还规定了不得强迫犯罪嫌疑人、被告人自证其罪的条款，使我国刑事诉讼法中的无罪推定原则臻于完整。
