修正后的刑事诉讼法，较之1979年刑事诉讼法有很大进步，主要表现在：修正案强调实体与程序并重的价值观，力图体现惩罚犯罪与保障人权相结合的理性要求，例如在法典中引进了无罪推定原则的精神，由此扩充了犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利；允许律师从侦查阶段起介入诉讼，一定程度限制了侦查行为的随意性，加强了人权保障措施；将审判权（包括定罪权）统一交由人民法院行使，增加了程序的科学性；将原来审问式的庭审制度改为辩论式庭审制度，加强了程序的民主性和法官的中立性；强化了合议庭在审判活动中的权力和作用，一定程度解决了“先判后审”、“上判下审”问题，等等。其进步意义是应当肯定的。但是修正后的刑事诉讼法未能从根本上理顺刑事诉讼主体之间的法律关系，程序设计的疏漏之处亦属不少，因此在实施过程中出现了不少问题。特别引人注目的现象之一是，在刑事诉讼法修正案颁布后，与刑事司法有关的国家机关，争相出台本系统执行刑事诉讼法的“解释”或“规定”，而这些“解释”或“规定”均无例外地反映了解释主体致力于对某些法律条文作超长延伸以扩张权力的倾向，对法律规定不详与疏漏之处作有利自己扩展权力的补充，这种延伸和过多地记录自己权力的解释内容，使解释文本直接成为各解释主体权力再分配的载体，且各系统在办理刑事案件过程中，工作人员往往只按本系统的权威“解释”或“规定”办事，而把法律本身弃置一旁。这就使各机关的执法行为很难统一到“修正案”的立法本意上来，从而影响刑事诉讼法的正确、统一实施，当然也就很难保证司法公正和提高诉讼效率。这个现象表明，1996年刑事诉讼法修正案，由于其本身的某些疏漏与不足，对于刑事司法的规范作用甚为有限，因此难予树立应有的法律权威。同时由于1996年刑事诉讼法修正案，重点摆在庭审制度引入对抗机制方面，着重对与此相关的程序制度作了调整，而对其他方面则关注不够，特别在证据制度、司法官责任、司法监督等方面存在明显缺陷。由此引发的另一个令人瞩目的现象，是学术界和实务界近几年来关于证据立法的大讨论，讨论中出现了要将刑事、民事、行政几部诉讼法中的证据部分抽出来合在一起制订统一证据法的主张，也出现了单独制订刑事证据法的主张。这些主张的出现表明现行的几部程序法在证据立法上相当薄弱，远不能满足实践需要。第三个引人瞩目的现象是各级人大加强个案监督（个案监督条例近年出台）。这是在审判权（包括定罪权）由法院统一行使后，对司法不公的问题如何监督，法律本身并未解决，而人大的“个案监督”，不仅法律上和理论上缺乏依据，在实践上也难予操作。上述表明，1996年刑事诉讼法修正案虽有进步，但存在明显不足，有进行再修正的必要性和迫切性。再从另一方面看，由于我国经济改革从九十年代中期以后已大步走向市场体制，政治体制改革和司法制度改革随之逐步深入，加之我国政府1997年以来先后加入或签署了联合国《经济、社会和文化权利国际公约》、《公民权利和政治权利国际公约》等重要国际法律文件，承担了执行联合国刑事司法准则的诸多义务，我国2002年又加入了WTO，国际交往与国际合作的领域空前扩展，在这种形势下，反观1996年刑事诉讼法修正案，已经很不适应我国社会政治经济发展的需要，因此对现行刑事程序进行再修正不仅势所必然，确实是迫在眉睫了。
