在物价上涨和通货膨胀日益成为常态的情况下，为消除其“税率爬升”而产生的增税效果，应当借鉴各国实行的税收指数化制度，建立费用扣除动态调整机制。可以在法律上授权国家税务主管部门在每年初，根据上年通胀水平（CPI），公布当年生计费用扣除标准（包括基础扣除和标准扣除）。
（二）税率结构
税率结构是个人所得税调节收入分配最具显示度的制度安排，是能否实现公平与效率相统一的核心环节。实行综合与分类相结合课税模式后，对于分类征收的所得将继续实行比例税率，税率水平可维持现行的20%。对于综合征收所得，将其汇总后适用累进税率，因此，如何设计累进税率制度成为立法的核心问题。
影响累进税率制度功能的因素包括边际税率水平、级次数量和级距跨度三个方面。边际税率包括起始税率和最高边际税率两个方面。OECD国家个人所得税起始税率平均值为14．65%，其中美国、英国为10%，德国为14%；但发展中国家和新兴国家起始税率远远低于OECD国家，如巴基斯坦0．5%、马来西亚1%、香港2%、新加坡3．5%、台湾地区6%。从国际上看，由于过高的税率容易带来替代效应，并刺激纳税人逃税，影响税制竞争力，其结果可能事与愿违，最优课税理论提出的税率设计应呈倒“U”型的观点也与此相一致。最近20多年世界税制改革的重要趋势就是降低税率，2008年30个OECD国家和13个发展中国家及地区的最高边际税率，在45%以上的国家有6个；40%－45%的国家有11个，占43个国家的40%左右；30%－40%的国家有12个；20%－30%的国家有11个；20%以下的国家有3个，几乎都是实行单一税率的国家；美国最高税率为35%。[27]在纵向公平倍受关注的情况下，提高适用于高收入者的超额边际税率可以确保累进程度的增加。关于税率级次数量，美国曾经采用过12级税率，韩国也曾采用过16级税率，但目前多数国家税率级次为3－5级，例如美国、日本为6级，英国、德国为3级。减少税率级次有利于简化税制，提高征管效率。级距跨度影响税负累进程度，级距宽可以使收入分布相邻人口税负变化平缓，而级距窄则相反。为了增加对高收入者的调节力度，应当增大高边际税率适用的级距跨度。
我国这次改革前工资薪金所得税率结构存在下列问题：一是起始税率适用的级距跨度小，3%起始税率适用的收入区间为0－1500元，不到扣除标准的1/2，这使得工薪所得者一旦成为纳税人很容易按较高的边际税率纳税。而OECD国家起始税率适用的收入区间平均为扣除额的8倍，发展中国家和新兴国家起始税率适用收入也到扣除额的1－2倍。二是级距过密，级数偏多，应纳税所得额从1元到9000元，法定税率跳跃了3个级次、17个百分点；而从9000元－80000元，法定税率跳跃了4个级次、25个百分点，但应纳税所得额却增长了71000元。这说明低收入者适用税率的累进幅度大于高收入者，导致高收入者与低收入者之间税负的不公平。[28]三是45%的最高边际税率偏高，影响了我国税制国际竞争力，不利于纳税遵从。为解决上述问题，公平税收负担，提高税收征纳实际效果，我们提出如下个人所得税综合征收所得适用的税率表：
改革后的综合所得累进税率有下列特点和变化：一是将最低档次税率适用的应纳税所得额上限由现行的18000元提高到36000元，扩大了其适用的低收入阶层。二是大幅度降低了中等收入阶层的税负水平，应纳税所得额在36000元至240000元之间的税率为10%和15%两档，有利于培育中产阶层。三是适当降低了高收入者的税率，最高边际税率由现行的45%下降到35%，有利于高收入者扩大投资和促进依法纳税，增强了我国税制国际竞争力。四是税率级次由现行的7级减少为5级，简化了税制。总之，改革后的个人所得税税率表，税率结构和税负水平更趋合理，中低收入者的税负得到降低，有利于促进居民收入增长和拉动有效消费。高收入者的名义税率下降，但由于高收入者来自薪酬外的更多收入由原来适用比例税率改为适用累进税率，加上纳税遵从提高，实际税负将上升。[29]因此，改革后的税率制度是一项重要的制度创新，既保持了适度的累进调节力度，又有效提升了税制竞争力和税法遵从度。
（三）其他制度
按照拓宽税基的要求，在降低税率和提高费用扣除标准以后，应当按照可税性和综合所得税基理论，[30]逐步将各类应当纳税的所得纳入征税范围，例如可考虑将部分农业生产经营所得、网上销售所得等纳入应税所得，同时清理和减少不合理税收优惠。在立法技术上，可以将对应税所得的规定由现在的正列举改为反列举，以增加应税所得概念的外延包容性。在个人所得税纳税人的界定上，明确使用和区分居民纳税人和非居民纳税人，在对非居民纳税人判定中，将居住时间标准由现行的1年改为183天，以与大多数国家相一致，更好地保护我国税收管辖权。要重视个人所得税与企业所得税的协调，保持两种所得税对经营所得课税税率的大致均衡；通过采用股息扣除法、归集抵免法、分税率法等方法，减少和消除对股息、红利所得的双重课税。要结合分税制财政体制改革，在中央和地方之间合理分配个人所得税收入，为改进个人所得税征管体制创造条件。
