尽管日本最近刑事诉讼制度改革取得了一定成果，但其法律改革仍面临一些问题。主要表现在以下方面。
第一，日本最近的刑事诉讼制度改革未对侦查程序作出根本性的修改。在刑事诉讼中，侦查阶段是最容易侵犯人权的阶段。在日本，一方面，警察享有充分的侦查权，如可以利用代用监狱制度迫使犯罪嫌疑人作出自白，在讯问时律师不能在场，律师与犯罪嫌疑人的会见受到限制等；另一方面，法律对警察权力则缺乏有效制约，实践中令状主义形式化。然而，最近的法律修改，并未解决日本律师联合会和日本学界一直主张的讯问可视化问题。这就决定了法庭审判将依然是侦查的继续。从一定意义上说，日本司法改革的目标，将会因为警察游离于法的制约之外的现实而难以完全实现。
第二，陪审员制度能否达成预期目标，尚有疑问。首先，被告人的程序选择权对于实现被告人的主体地位具有决定性的意义，而在陪审员制度中，被告人没有程序选择权。其次，陪审员制度适用的刑事案件在刑事案件中所占的比率极小，是否能承载起司法民主的重任很值得怀疑。再者，迅速司法对于陪审员参与的审判具有举足轻重的意义，但为了实现迅速司法而采取的各项举措能否顺利实施，也不无疑问。譬如，起诉前保释制度的缺失，会见指定权的存在，辩护方仍然不能进行充分的防御准备；虽然增设了审前准备程序，扩充了证据展示制度，庭审中也很有可能因辩护方准备得不充分而必须休庭。此外，由于没有规定主持庭前准备的法官与审判法官的分离，而陪审员又不参加庭前准备及证据展示，这很可能造成法官的预断。加上在庭前开示的证据中有一些证据是不会在法庭中出现的，这样一来，在开庭审判中，已经接触过案件争点及证据的法官与对案件一无所知的陪审员在据以进行审判和评议的信息方面已经出现实质的不平等，所以，陪审员很有可能受到法官的左右，从而使得对刑事审判的参与流于形式。
第三，在检察审查会制度的改革中，如何更好地处理民众参与与专门家司法、反映民意与体现法律精神的关系，以及如何寻求打击犯罪与保障人权的平衡，仍是有待进一步解决的课题。起诉是一件专业性极强的工作，随着现代起诉理念的变革，起诉所承担的程序分流、刑事司法修复、犯罪人回归社会等方面的功能日显突出，因此，对于案件是否起诉，需要综合各种因素进行判断。由作为法律外行的检察审查员来制约检察官的起诉裁量权，有可能对检察官带来法外的各种制约。同时，由于检察审查会只对检察官的不起诉处分进行审查，有可能使检察审查员形成偏重犯罪惩罚的心理倾向。再者，检察审查会法中没有明确规定被不起诉人在审查程序中的地位及权利、义务，被不起诉人在事实上被置于被动承受审查和被动应诉的不利境地。赋予检察审查会的起诉决议以法律效力，可能会进一步加深检察审查会制度传统上存在的对被不起诉人的合法权益缺乏关照的弊害。
