争点及证据的整理程序在法院的主持下进行，适用于两类案件：一是适用陪审员制度的案件；二是法院认为“对持续、有计划且迅速进行充分的公审审理有必要”的案件。对于此类案件，法院可以听取检察官及被告人或者辩护人的意见，在第一次公审期日之前，裁定将案件交付审前整理程序；在第一次公审期日后，法院考虑到审理的情况认为必要时，在听取检察官及被告人或者辩护人的意见后，可以裁定将案件交付公审期日之间的整理程序。
1.审前整理程序和公审期日之间的整理程序
审前整理程序的目的是预先明确案件的争点，确定应在审判中调查的证据，并在此基础上制定明确的审理计划。审前整理程序以使诉讼有关人员出庭陈述或者使其提交书面材料的方式进行。
审前整理程序必须有检察官和辩护人参加。如果被告人没有辩护人或者辩护人不出席，审判长应当依职权指定辩护人；辩护人有不出席的可能时，法院可以依职权指定辩护人。被告人可以出席审前整理程序。如果被告人出席，审判长应当告知其沉默权。
在审前整理程序中，可以进行下列活动：(1)明确诉因或者罚条；(2)准许追加、撤销或者变更诉因或者罚条；(3)明确预定在公审期日的主张，整理案件的争点；(4)提出调查证据的请求；(5)明确请求调查的证据的立证意图和询问事项等；(6)确认关于证据调查请求的意见(包括对于证据书面材料是否有第326条的同意)；(7)作出调查证据的裁定或者裁定驳回调查证据的请求；(8)对于裁定调查的证据，确定调查的顺序及方法；(9)对证据调查的异议申请作出裁定；(10)作出关于证据展示的裁定；(11)确定或者变更公审期日，确定其他与公审程序进行有关的必要事项。
在第一次公审期日后，法院考虑审理的情况，认为必要时，在听取检察官及被告人或者辩护人的意见后，可以裁定将案件交付公审期日之间的整理程序，以便整理案件争点及证据。关于公审期日之间整理程序中的证据调查及开示等相关程序，与审前整理程序相同。
为了确保整理的实效性，凡是交付整理程序的案件，除非存在不得已的事由，在整理程序中未能请求调查证据，在整理程序终结后，检察官及被告方不得再提出调查证据的请求，但这一限制并不妨碍法院认为必要时依职权调查证据。
2.整理程序中展示证据
2004年修改的法律规定的证据展示制度，是一种控辩双方互负展示义务的制度。内容包括：
