如果说“单一性”原理是对起诉效力的静态考察的话，那么第二个原理“同一性”原理则是一种动态的考察。诉讼是发展的，审判过程中可能会发现案件事实与起诉书中所指控的事实有一定的出入。但是，无论怎样，审判中的事实必须与起诉事实保持同一，否则，非经变更、追加起诉程序，不得加以审判。什么样的事实被认为与起诉事实具有同一性呢？客观的生活事实是同一个，但审判过程中对于犯罪性质的认识发生了变化，甚至检法两家在罪名认定问题上发生分歧，这样的情况下审判事实与起诉事实还具有同一性吗？对类似问题的回答，均取决于对“事实”这一概念的理解。如果把“事实”理解为客观的生活事实，那么对于犯罪性质、罪名的认定属于法律评价问题，而对事实进行法律评价则是法院的固有权限。因此，法院可以自行认定犯罪性质、罪名而无须担心超越起诉效力范围，唯一需要考虑的，是这种犯罪性质和罪名的变更对于辩护权的行使所造成的不利影响。也有论者认为，刑事法领域的事实是经过犯罪构成要件规范、整理过的事实，罪名的变更也会影响到事实的同一性。在这种情况下，非经一定的变更起诉程序，是不得就新罪名继续审理的。
控辩平等原则
为了保证现代刑事程序具有较为稳定的诉讼结构，控辩双方必须维持大体平等的力量。但是，在刑事诉讼中，被追诉人，包括犯罪嫌疑人、被告人，面对的是以国家权力为后盾的警察、检察官，后者至少在理论上也是法律专家。被追诉人天然地居于一种不利地位。为了实现一种实质意义上的平等，法律必须创制特别的措施有意地强化被追诉人的防御能力。概而言之，这样的措施着力从三个层次上实现控辩平等：
首先，诉讼地位平等。控辩双方“平等武装”的基础是双方必须立足于同一平面上。但是，如果被告人以有罪之身进入诉讼程序，在检察官面前先就矮了一截，以此为基础不可能建立起稳定的诉讼结构。为此，法律创制了无罪推定原则。在此基础上，法律又赋予被告人“反对强迫自证其罪”的特权，排除了追诉机关以公共利益为由对被告人施加强制的合法性，以此强化被告人的防御地位。
其次，诉讼能力平等。在现代诉讼制度中，诉讼能力平等是一个不断发展的过程：法律首先赋予了被告人在审判阶段获得律师帮助的权利；后来，为了克服社会经济地位不平等而导致的事实上的不平等，逐步发展了法律援助制度。之后，制度的发展更多表现为“量”的变化：第一，律师帮助权逐渐向审前程序推移。当前，多数国家均承认第一次讯问前即应告知并保障犯罪嫌疑人的律师帮助权。第二，法律援助的对象不断扩大。在英美各国，法律援助几乎覆盖所有经济能力有限的公民。
