三、微观运行层面：三种主要司法建议类型个案分析
1．撤诉案件的中司法建议。学者们认为，“由于行政诉讼解决的中心问题是行政行为的合法性问题，由于行政机关不能处分国家的职权，由于原告处分自己的起诉权不能消除行政行为的违法状态，因此，行政诉讼中原告的撤诉权受到更多的限制。”[6]事实上无论是原告自愿撤诉还是基于各种压力进行利益权衡后的撤诉，都不意味着涉诉的行政行为已经得到合理的评价。随着法官素质愈来愈精良，司法队伍本身也希冀能有更多的作为，在“撤诉”之外似乎可以做点什么，这时恰到好处的司法建议书就在富有责任感的法官手中诞生了。
在“N诉U市某渔政管理站行政登记”[7]一案中，随案的《司法建议书》中写道：“我院在审理该案中，发现你站将网围养殖使用权人从原告变更登记至第三人名下，虽让当事人提供了办理转让登记所需的相关材料，但在具体审核当事人身份等程序上尚存在一些瑕疵。……为了使行政机关在执法过程中更加规范，减少不必要的纠纷，本院特向你站提出以下建议……。”
U市某渔政管理站的《回函》是耐人寻味的：“在贵院的大力支持下，原告诉我站渔业行政登记一案以原告最终撤诉而得以妥善解决。通过本次诉讼，反映出我站在网围养殖使用权登记转让过程中存在不规范之处……重点对具体负责网围养殖使用权登记工作的分站提出了如下要求：……。”
“我国行政诉讼中撤诉率高的真正原因在于当前行政诉讼缺乏良好的制度环境……撤诉是原告、被告和法院‘合谋’中止诉讼。”[8]存有此种想法的不在少数，但此情形短时间内难以逆转，古语云“知耻近乎勇”，所谓“协调”和“服务”不是丧失司法中立，而是在中国特有的法院文化背景下合时宜地顾及行政机关的生存颜面，通过司法建议这种柔性监督方式指出他们存在的“瑕疵行为”，以期更好的“依法行政”。被建议机关因为对自身错误的羞耻会产生敬畏法律的勇气。这样的程序性瑕疵，涉及的法律关系相对简单，问题发现也比较及时，行政机关态度友善，相关建议的落实得到很好的互动效果，司法建议书较之判决书的优势就比较明显了。
2．行政机关败诉案件中的司法建议。在“Z诉U市公安局交通巡逻警察支队行政处罚”[9]案中，判决书附《司法建议书》称：“原告认为从D单位出门右拐弯上S路，没有公交车专用车道的标志，被告对原告的处罚缺乏事实依据。经审理，本院发现贵队在道路交通执法中及S路交通专用车道道路交通信号的设置上存在值得改进的地方，特提出以下司法建议：……交通信号标志的设置要符合清晰、醒目、准确、完好的标准。”被告回函认为：若将S路所有大小路口公交车专用车道全部标识，因全线密度高会影响市容，当务之急应加强沿线单位宣传，告知沿线单位出行人员公交专用车道在哪里。
