在行政机关败诉案件执行过程中，往往受到不少阻力，所以有学者就察觉到目前针对行政机关执行的困境：“因为对行政机关的罚款终究是由国库支付，对公务员的个人利益并无直接损害……事实上，行政机关作为一个抽象主体，它的行为意志、意思表示都是由该机关的人员来代表实现的，说到底是由机关负责人来决定的。”[4]同样作为诉讼类的法律文书，司法建议尚且不具备裁判文书的效力，如果单从法院作出规定，司法建议书有时遭遇强有力的抵抗更是不可避免的。
实践证明，大部分的行政责任被集体责任消解，只有追究个人责任，才能对行政活动产生激励。法律既有评价功能又有价值判断与选择的功能，一旦条文中明确了对司法建议不回复的法律后果，最终会由直接负责人作出对自己有利的选择，如果这种选择契合了司法建议活动的目的，那么整个行政活动会产生正相关的收益。
我国目前对程序违法的责任追究机制的重视程度远不及实体违法的追究力度，而被建议的行政行为又大部分是程序性上出问题的，这些游离于合法但不合理、瑕疵与违法之间的程序问题得不到法律有效的追究，就会产生这样的问题：虽然利益损害是较小的，但被多数人不断重复经历，长此以往这种不利累加起来也是对公共利益的一种侵害，这也充分暴露了目前行政法多重缺陷的交织。目前在各行政机关内部，有相对详尽的责任认定以及和公务人员评级制度相联系的细则，司法建议如若与这些规章制度相互结合起来，不仅能够化解自身的困境，也能大量填补监督行政程序瑕疵的空白。
（三）司法建议书公开制度之规范
司法建议能否公开？在实践中目前是作为“内参”，多数单位不愿意公开。无论是法院还是被建议的行政机关都比较乐于在不被公众关注的情况下进行交涉，司法建议书早期能够在行政机关取得一定信任也是基于此。但作为一类特别的法律文书，有必要对司法建议书作一分为三的理解：
一类是不直接涉及具体相对人或利害关系人且属于需要保密的程序性的司法建议书，可以理解为“工作秘密”。关于工作秘密，在《国家公务员暂行条例》中未作解释，但根据起草法规部门的解释，其含义应为：(1)除国家秘密以外的，在公务活动中不得公开扩散的事项；(2)一旦泄露会给本机关、单位的工作带来被动和损害的事项。[5]涉及工作秘密的司法建议文书不需要公开。一类是不直接涉及具体相对人且不属工作秘密的，可以理解为“内部资料”。只要内部资料没有影响到具体相对人也属于不需要进行公开的内容。另一类是直接涉及相对人或利害关系人的司法建议书，笔者认为应当公开。
