看来，《指导意见》赋予独立董事的职权基本上包括了监事会的职权，而且比其更大。这种制度设计的“双轨制”，弊端显而易见：其一，我国的公司治理结构与独立董事制度并不融合，《公司法》中也并未规定独立董事的职权。《指导意见》赋予独立董事很大的权利，在一定程度上扭曲和模糊了现行的公司内部权利架构。其二，按照制度经济学的观点，制度设计的功能在于合理界定权利的边界，只有权利界限清楚，责任才能明确，才能降低制度运作的成本，减少外部效应。但目前我国上市公司存在两个监督力量——独立董事和监事会，那么处于“搭便车”的心理，两个机构之间相互扯皮、推诿很可能使监督绩效降低为零。[5]其三，从表面上看，在当前监事会处于弱势的情况下，独立董事行使职权不会与监事会产生矛盾。但如果独立董事行使职权不符合大股东的意愿，在大股东控制下的监事会很可能成为其对抗独立董事的棋子。因为监事会的职权是《公司法》规定的，其法律地位高于独立董事。这样，独立董事要么辞职走人，要么形同虚设。
（三）独立董事的激励机制不健全
为了激励独立董事发挥功效，《指导意见》第7条第5款明确了“上市公司应当给予独立董事适当的津贴”，从经济的角度对独立董事的劳动价值予以了肯定。但其中又规定，“津贴的标准应当由董事会制订预案，股东大会审议通过并在公司年报中进行披露。”这就可能带来以下问题：首先，缺乏统一的津贴标准将会挫伤独立董事特别是小公司独立董事的积极性，因为不同规模、不同经济水平的上市公司，其给予独立董事的津贴肯定不一样，但独立董事们付出的劳动却是大致相同的，长此以往，小公司独立董事的积极性可能会受挫。其次，强有力的报酬激励可能在效果上适得其反。如果独立董事在经济上依赖于公司所给的报酬，其独立性就可能受到影响以至削弱。当公司经营状况良好且独立董事的报酬颇丰时，独立董事可能会为保住自己的职位而在一些关键性或有争议的问题上依附于董事会，不发表独立意见。这样独立董事的价值无从体现。最后，退一步说，报酬激励可能对独立董事并不重要。他们都另有职业且多为专家学者，一般而言，其往往视声誉为生命。一旦他们在上市公司中表现出应有的独立和客观，无形中将极大地保护和提升其声誉，对他们来说，这比“适当的津贴”要重要得多。
