也许《指导意见》注意到了这一点，因而该意见第5条第2款规定，“如果上市公司下设薪酬、审计、提名等委员会的，独立董事应当在委员会成员中占有1/2以上的比例。”但问题就在于“如果”二字，如果上市公司董事会下不设上述三个委员会，独立董事在董事会的比例就占不到1/2以上，独立董事在董事会中就更像“顾问”的作用。因为独立董事不占董事会成员的多数，又属于没钱的管有钱的状况，其作用的结果可想而知。
（二）独立董事与监事会的职权相冲突
我国属于大陆法系国家，在公司内部权利机构设置上，《公司法》规定在股东（大）会之下并行设立董事会和监事会两个机构，董事会专事经营决策，而监事会则负责监督。这说明在现有的公司治理结构中，已存在对公司董事会进行监督的专设机构，如果再引入独立董事这样一个新的外部监督力量，势必在职能、权利方面与原有的监事会之间产生冲突。遗憾的是，《指导意见》显然对此关注不够。
我国《公司法》第126条规定，监事会行使下列职权：（1）检查公司的财务；（2）对董事、经理执行公司职务时违反法律、法规或者公司章程行为进行监督；（3）当董事和经理的行为损害公司利益时，要求董事和经理予以纠正；（4）提议召开临时股东大会；（5）公司章程规定的其他职权。而《指导意见》第5条第1款规定，独立董事除具有《公司法》及其他相关法律、法规赋予董事的职权外，还具有以下特别职权：（1）重大关联交易应由认可后，提交董事会讨论；独立董事作出判断前，可以聘请中介机构出具独立财务顾问报告，作为其判断的依据；（2）向董事会提议聘用或解聘会计师事务所；（3）向董事会提请召开临时股东大会；（4）提议召开董事会；（5）独立聘请外部审计机构和咨询机构；（6）可以在股东大会召开前公开向股东征集投票权。此外，独立董事还就提名、任免董事、聘任或解聘高级管理人员、可能损害公司和中小股东权益的事项及公司章程规定的其他事项发表独立意见。
