2、独立董事的选任程序不合理。根据《指导意见》第4条第1款的规定，“上市公司董事会、监事会、单独或者合并持有上市公司已发行股份1%以上的股东可以提出独立董事候选人，并经股东大会选举决定。”很显然，《指导意见》在设计独立董事制度时，并没有仔细考虑我国上市公司的股权结构问题。目前，我国的上市公司绝大多数都是由原来的国有企业改制而发行上市的公司，基本上都存在一个大股东并由其实际控制董事会。董事会成了大股东的“代理人”。大股东通过操纵董事会和股东大会，使上市公司与大股东发生大量的关联交易或者采取其他手段，损害上市公司及中小股东利益的情形相当普遍。在这种情况下，由“上市公司董事会”或者“单独持有上市公司已发行股份1%以上”的大股东来提名推荐独立董事，不仅不可能有效地监督董事会及大股东的行为，相反，而且很可能沦为它们的合法外衣。如果有人指控董事会的决定损害了公司和中小股东权益或者大股东压制中小股东，它们可以以获得了独立董事的同意作为证明其行为正当性的证据，这就减少了其本来应当向公司和全体股东承担责任的道德和法律限制，甚至可以免于法律责任。
另外，在我国目前的股权结构下，监事会往往成为摆设，至今披露的上市公司的违规行为已不在少数，但从未听说哪一家上市公司的监事会起到过监督制约作用。而且监事会是《公司法》所规定的履行监督职能的机构，由一个法定的监督机构来提议产生另一个监督主体，这在法理上本身就说不通。况且，《公司法》也并未规定监事会有提议选举董事的权利。总之，独立董事的选任程序，必须适合我国的具体国情，离开了我国特定的现实环境去选择和设计规则是危险的。
3、独立董事在董事会成员中的比例太低。独立董事作用的有效发挥，是建立在其在董事会中具有明显的群体优势和表决权优势基础之上的。尽管《指导意见》对上市公司董事会成员中独立董事的比例作了强制性规定，“在2002年6月30日前，董事会成员中应当至少包括2名独立董事；在2003年6月30日前，上市公司董事会成员中应当至少包括1/3独立董事。”[3]但与国外的独立董事比例相比，我国独立董事仍属于弱势群体。根据经合组织（OECD）1999年的调查显示，独立董事占董事会的比例，美国为62%，英国为34%，法国为29%。而《财富》杂志统计的美国公司1000强，董事会的平均规模为11人，其中独立董事就达到9人。[4]这些数据表明了独立董事在英美公司董事会中的优势地位。
