再次，乌拉圭回合谈判的核心成果，被评价为发展中国家和发达国家之间的一个“南北大交易”（grand bargain），即发达国家开放农产品、纺织品等发展中国家有重要出口利益的领域，来换取发展中国家同意将服务贸易、知识产权等新议题纳入GATT/WTO体制。[6]但是，随着乌拉圭回合的结束和相关协议的实施，发展中国家普遍感到，上述“南北大交易”有着显著的不平衡性，它们在有关新议题上承诺了沉重的义务，却并没有从乌拉圭回合协议（特别是有关市场准入方面的成果）得到其所预期的利益。以纺织品和农产品这两个发展中国家预期谈判利益最大的行业为例，乌拉圭回合达成的《农产品协定》和《纺织品与服装协定》虽然就推动农产品和纺织品两个领域回归多边贸易体制而言意义重大，但这两个协议的内容和实施都“猫腻”重重，它们在这两个关键领域没有获得预期的市场准入机会。[7]另一方面，服务贸易、知识产权等新议题的共同特点则是它们带给发达国家显著的利益而给发展中国家带来巨大的负担（至少短期内如此），而不像传统市场准入承诺那样，根据实在经济学，不仅对贸易伙伴而且对本国国民经济利益也是有利的。[8]因此，相比发达国家在这一交易中“大获全胜”（它们不仅从服务贸易、知识产权等协议带来的市场准入中获得了巨大的好处，而且它们对发展中国家作出的减让承诺也可以获得经济学上的正面利益），发展中国家则不仅在市场准入方面没有得到贸易的顺差，在新议题上作出的让步也意味着真正的经济代价。借用著名贸易政策专家J. 迈克尔·芬格等人的话：“从真正的经济学角度讲，他们的代价实在是太沉重了。”[9]显然，不对等的“南北大交易”，加剧而不是缓解了该体制内发展中国家与发达国家之间的南北分立。
总之，乌拉圭回合谈判标志着多边贸易体制内一个旧时代（关贸总协定）的结束和一个新时代（WTO）的开始。在此前的关贸总协定时代，各国致力于通过削减边境（at the border）关税和非关税贸易壁垒推动多边贸易自由化，使命相对单纯，议题争议不大，成果较易达成。而随着乌拉圭回合将贸易谈判议程带入传统上属于主权国家国内管辖事项、但不同程度上“与贸易有关”的各种边境内（behind the border）措施，战后多边贸易自由化进程来到了一个事项复杂、争议很大、进展困难的“雷区”。这些新议题，往往涉及较为敏感的国内管制措施和非贸易价值，并具有履行义务成本高昂、成果实施的利益明显不对等等特点，它们日益成为贸易谈判中的重点、难点和争议点。这也给多边贸易体制带来了一系列始料未及的后果。最明显的表现是，积极参与了谈判却未得到所期望和许诺利益的发展中国家随后对WTO及多边贸易体制产生了深刻的不满和不信任感。谈判议程向国内政策领域的大步迈进还加剧了公众对贸易自由化的不满和敌对。乌拉圭回合没有如一些学者所断言使WTO成为一艘“平底船”，[10]反而加剧了多边贸易体制与各国民众以及发达国家与发展中国家之间的分裂。发展中国家和非政府组织成为要求从程序到实质事项变革多边贸易体制的两大主要力量（尽管它们往往在同一事项如WTO的透明度问题上有着不同甚至相对立的立场），并改变了多边贸易体制内传统的力量对比。归结起来，谈判议程和事项重点的转型以及由此在各国政府和民众间产生的巨大争议，[11]使此后的贸易自由化似乎失去了方向感和足够的动力，面对何去何从的抉择踟蹰不前。
由此，不难解释WTO成立以来一系列失败记录的根源所在。例如，1999年西雅图部长会议未能成功发起新一轮多边贸易谈判的根本原因，就在于乌拉圭回合对多边贸易体制产生的“综合症”，特别是发展中国家对乌拉圭回合谈判结果的失望，以及对多边贸易体制和发达国家贸易伙伴很大程度上失去信任。根本而言，发展中国家在面临乌拉圭回合协议实施困难和很多预期利益未得到兑现的情况下，对发起新一轮谈判热情不高，要求将解决其实施困难作为发起新一轮谈判的前提。另外，乌拉圭回合新议题的纳入在很大程度上导致公众对贸易自由化支持下降，反全球化的声音不断加大。西雅图部长会议的失败是多边贸易体制历史上第一次未能就谈判的发起达成一致，对该体制和WTO成员产生的影响十分深远。
此外，如下文所述，多哈回合的发起和谈判不仅也是以乌拉圭回合以来多边贸易体制的演变为主要背景，而且表明该体制仍在困惑中重新寻求自我定位，其转型的完成尚待时日。
