（三）延长羁押期限规定的矛盾性
这种矛盾性突出表现在两个方面。第一，根据刑事诉讼法第128条的规定，在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起重新计算侦查羁押期限，而不需要经任何机关批准。根据1998年1月最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会颁布的《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》（以下简称《规定》），对于需要重新计算羁押期限的，由公安机关决定。那么检察机关重新计算羁押期限也不需要经上级检察机关批准。这意味着延长羁押期限需要经上级检察机关批准，而重新计算羁押期限则不需要批准。第二，根据刑事诉讼法第124条规定，需要延长羁押期限1个月的，应当报请上一级检察机关批准。据此，省级检察院批准或决定逮捕的案件，延长1个月羁押期限，须报最高人民检察院批准。但根据刑事诉讼法第126条、第127条的规定，分别再次延长2个月羁押期限，却可以由省级检察院自行决定。上述两种情况的存在，明显不利于羁押程序中的权力制约。
（四）延长羁押审批程序的行政化
现行的延长羁押审批程序完全是一种审批机关的单方职权行为，是一种行政化的审批程序。这种行政化的审批程序的缺陷表现在：（1）审查方式的书面化。1999年1月18日最高人民检察院颁布的《人民检察院刑事诉讼规则》（以下简称“《规则》”）第226条规定：“人民检察院审查批准或者决定延长侦查羁押期限，由审查逮捕部门办理。受理案件的人民检察院审查逮捕部门对延长侦查羁押期限的意见审查后，应当提出是否同意延长侦查羁押期限的意见，报检察长决定后，将侦查机关延长侦查羁押期限的理由和本院的审查意见层报有决定权的人民检察院审查决定。有决定权的人民检察院应当在侦查羁押期限届满前作出。”检察机关批准或决定延长羁押的案件，都是书面审查，（2）决定程序的不公开化。在决定羁押期限是否延长时，只要公安机关向检察机关提交延长羁押期限的意见书，写明案情和延长羁押期限的具体理由，然后就可以由检察机关通过书面审查的方式作出是否同意的决定。整个审批程序都是不公开的，甚至批准延长后，也不通知犯罪嫌疑人或被告人。（3）审查决定的审批化。目前，检察机关内部对延长羁押的审批实行的是办案人承办、部门负责人审核、检察长决定的审批程序，这完全是一种内部行政式的审批程序，而不是诉讼程序。（4）犯罪嫌疑人、辩护律师不能介入延长羁押审批程序。检察机关在审批过程中，既不提审犯罪嫌疑人，也不通知辩护人参与审批程序。
