在全国人大常委会前后三次审议《反垄断法》草案过程中，虽然作为整体来说行政垄断的相关规定得到保留，但在具体条文的确定方面仍然存在着激烈的争论和博弈。直到最终草案提交表决通过的前夕，反垄断执法机构向行政垄断实施者的上级机关的“建议权”（第51条）才被加入条文之中。
行政垄断的产生，有其深刻的历史、政治与经济体制根源。
从历史来看，中国长期受重农抑商的儒家文化影响，以及中国传统思想中市场竞争文化的缺乏，使得改革开放以来的市场化进程一直受到行政权力干预市场的压制。从现代反垄断法的角度看来，中国历史上官商不分的“红顶商人”是典型的行政垄断，即滥用行政权力不正当参与市场竞争以攫取经济利益。时至今日，官商不分的历史传统使得行政垄断在中国依然有着滋生的土壤。
现实情况是，国家在诸多经济领域仍保留了相当的行政权力，我国的市场经济体制改革尚有待进一步完善。我国宪法规定，“国家实行社会主义市场经济。国家加强经济立法，完善宏观调控”。但是在现实经济生活中，有一些政府部门并非通过货币、利率或税收政策等宏观经济调控工具来实现对市场的引导，而往往通过直接限定产品或服务的价格和市场进入资格等方式直接干预市常而在发达国家的市场经济中，政府基本上不直接干预微观经济运行。
财税制度与事权、财权划分制度在一定程度上刺激了地方保护主义的产生。
1994年实行分税制后，我国中央与地方政府的财政收支状况与分税制前相比呈“反向剪刀状”，地方政府财政收入占全国财政总收入的比例逐渐减少，财力上移，但地方财政支出占全国财政总支出的比例却不断增大，造成地方政府的财权与事权不对称，地方政府必然寻求扩大财源，使得地方保护主义有了直接的经济动机。财政包干和各种地方税设置后，财政状况的好坏直接关系到地方的经济利益，因此地方政府与地方企业、尤其是与地方国有企业不可避免地在许多方面形成了利益共同体，进而导致了地方保护主义的产生。
另外，干部考核制度与政绩工程也容易成为行政垄断的温床。美国斯坦福大学的周黎安博士曾做过一个研究，运用经济模型对1980年至1993年间中国大陆28个省（自治区、直辖市）的数据进行了实证检验，结果显示各省的经济绩效与地方官员的晋升之间呈现出高度的正相关性。某些地方政府领导为了达到晋升的目的，不遗余力地推动本地GDP的增长，在施政过程中全力维护本地方经济利益，促进了地方保护主义的滋生与蔓延。
