审查起诉部门在审查起诉过程中“发现”侦查机关违法收集的言词证据不能作为指控犯罪的根据。在我国，依据现行法律构架，对非法口供的排除是人民检察院作为国家的法律监督机关而行使的监督职能之一。但从正当程序的一般原理看，由人民检察院承担非法口供排除并纠正侦查机关非法取证行为之责任，存在以下缺陷：
其一，检察与侦查机关在追诉和打击犯罪上具有目标一致性，检察机关缺少排除公安机关非法口供的内在动力。而且从人民检察院《规则》第265条第2款允许侦查机关采用嗣后的合法行为掩盖前一次的非法取证行为[20]的规定看，也反映了检察机关对非法口供的暧昧态度。司法实践表明，检察机关很少对公安机关非法获取口供的行为提出纠正意见或立案查办。
其二，对人民检察院自侦案件而言，检察监督违反了“任何人都不得为自己的法官”这一程序正义的基本原理，仅靠检察机关内部部门之间的弱势制约并不能根本、有效地解决问题。
其次，应当合理看待和分析法院在排除非法口供中的职责。
最高人民法院《解释》第61条规定，人民法院对非法口供“查证属实”后，不能用做定罪依据。刑诉法第158条规定，法庭审理过程中，合议庭对证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。据此规定，可以认为，人民法院有职责对非法口供的证据能力进行调查核实和排除。
目前的规定从一定的角度看是合理的，法院作为中立的裁决者当然应当以职权排除非法口供，国外的普遍作法亦是如此。至于刑诉法第158条规定合议庭拥有调查核实证据权，在理论上也是比较合理的，与刑事诉讼的普遍发展趋势相一致。因为，从两大法系法官职权作用发展的趋势看，大陆法系法官一直保持着充分的证据调查权；英美法系法官在庭审中的职权作用也在加强，必要时甚至也可以主动调查证据，如在一定情况下，法官甚而可以要求重新鉴定。但是，如何理解和把握第158条规定的法院调查核实证据权的性质和可操作性仍是个问题。我们认为：
其一，从性质上讲，不能将法院对证据调查核实权理解为法院承担证明责任。原因在于：（1）法院未提出任何诉讼主张，而依举证责任之一般原理，提出诉讼主张是承担证明责任的前提条件；（2）如果法院承担证明责任与现代刑事诉讼中法院主要承担居中裁判的诉讼职能（判明职能）相悖。
其二，从可操作性、规则的协调性角度看，第158条实际上是79年强职权式诉讼结构的遗留产物，虽然在形式上契合了现代诉讼原理，但在中国现阶段的特定诉讼环境中，实际功能的发挥并不容乐观。因为在我国刑事诉讼中，口供收集程序的秘密性使得非法取证行为的查明类似于侦查，但是，无论是法院制度设计、技术装备还是法官知识结构均不具备这种“侦查”能力。因此，目前法院在非法口供排除中的作用，应当主要依靠法庭上的裁量权实现。至于庭外依职权主动“查证属实”，由于现实操作性比较差，还需要进一步论证。
