而对香港法院司法审查的范围，香港与内地法律界人士曾存在不同认识：香港法律界人士认为特区法院有权力审查香港特别行政区立法和行政行为。若发现有抵触《基本法》的情况，法院有权裁定有关法例或行为无效。[10]内地法律界人士则认为香港特区法院不具有审查特区立法机关制定的法律是否符合《基本法》的权力，认为香港终审法院的判词强调享有宪法性管辖权，扩大了法院的管辖范围，是以司法为主导而不是以行政为主导。[11]
从实践中来看，香港特区行政与司法的冲突也主要集中在香港法院对行政机关行政行为的审查权上，包括《基本法》及其所引入的法例的解释权的行使、香港法院对政府行为及规章的审查、香港法院对政府提出经立法会通过的法案、财政案、人事案的审查等诸多方面。这其中，又以法律解释权的争议为突出问题。在香港普通法的观念中，法律解释权是司法权独立的保障，法院无权对法律作出解释，也就没有真正意义上的司法独立；而在内地，却有与之不同的法律解释观念和体制。不仅法律解释权与司法权是不同概念，而且是采用立法解释体制，即由立法机关对法律作出解释。这两种认识上的差异造成了一定程度的偏差和误解，还引起了中央与香港关系的一度紧张。而通过居留权案及临时立法会的合法性、《人权法案》相关案件、第23条立法的震荡、特首任期争议等多个案件，[12]可以清晰的看到，一方面，香港法院秉承“司法独立”的传统，借助于《基本法》所赋予的高度司法自治权和终审权（尤其是终审权），对于监督与制约政府行为发挥了极大的作用，这也成为香港政治体制中鲜明的特色，保障了香港政治清明、经济繁荣。另一方面，由于忽略或者是误读了《基本法》立法原意，对行政与司法的关系未能精准把握，过分强调司法至上，缺乏对行政应有的尊重，致使呈现出一种“过高的姿态”，甚至逾越了司法审查应有的界限，将“高度自治”变成了“绝对自治”。此时，作为特区权力架构重要组成部分的特区法院，在坚守司法独立，履行司法复核以及违宪审查职权，藉以维护法治和权利保障等原则的同时，如果没有对过度政治化的危险保持清醒认识，就很有可能对行政与立法的关系产生消极的影响。
因此，如何使香港司法权准确定位并逐步回归，发挥更加良性、重要的作用，这不仅是香港特区行政界与司法界要思考的问题，也是中央要思考的问题。因为这不仅反映了香港《基本法》的实施状况，更影响着“一国两制”制度的实践。澳门在这方面暂时没有同类的问题出现，只是由于不存在普通法和大陆法的冲突，不代表不会有其它法律习惯、法律传统、法律认知方面的问题。而且进一步讲，如果站在政治的层面上，香港的行政与司法之争应是香港回归前中国与英国关于主权与治权之争的延续；将“两国”的问题转化为“一国”内部“两制”的问题，并通过“一法”（《基本法》）予以解决，才是最好的出路。
