从表象上观察，港英时期的港督大权独揽，立法局、行政局基本上都是一个咨询机构，行政与立法的关系是咨询与配合，而非监督与制衡。立法局议员的少许制衡作用也只是保障英国的宗主权和利益，与市民利益无关。但在香港回归后，市民认为特区政府早已经不是高高在上的殖民政府，而是要向香港人负责的自己的政府，政治参与的热情大为提高，对行政机关要求自然也会相应提高，期望也增加。于是，尽管立法会拥有的权力与行政长官相比处于劣势，但却能借力于民主的口号，将制衡的作用不断发酵膨胀，甚至时常把双方的关系拉得很紧张。
其次，香港的政党政治没有对政治制度及其运行形成影响，所以香港的行政机关没有西方那种议会多数党的支持，行政与立法之间的紧张关系不可避免。实行高官问责制之后，问责高官全部进入行政会议，而行政会议中立法会议员和社会人士相对较少，这种情形也会加剧行政和立法之间的不协调。
从整体环境来看，香港回归初期特区政府在处理金融危机、SARS等一系列问题上缺乏管治经验，处理结果不尽如人意。加之经济发展速度持续走低，失业率居高不下。基于这些状况，所“民主派人士”打着“还政于民”的口号，以反对政府为能事，为反对而反对，很容易赢得市民的拥护和支持。而政党政治的本质又使得亲政府的党派与政府的“亲密度”天然不足，为赢得选民的支持，这些党派在政府最需要支持时反而疏远政府，从而进一步导致行政与立法的关系陷入困境。
进行深入剖析，这些现象能够解释但仍不能揭示本质原因，表面上看是香港本土范围内的内部矛盾，实际上还是“一国”和“两制”的问题：
从纵向关系来看，中央在特区政制发展问题上起着主导作用。特区是中华人民共和国的特区，绝非是可以脱离国家存在的独立实体。中央与地区的关系既有从属关系，也有领导与被领导的关系，同时还有监督与被监督的关系。中央在特区政制发展方面的立场、观点以及履行职权的行为直接影响着行政与立法关系的发展与变化。毫无疑问，中央没有理由推翻自己在《基本法》中关于香港政治体制的设计，在行政与立法关系的定位方面，中央显然支持行政对立法的主导地位。事实上，《基本法》之所以把特区的政治体制设计为行政主导，除了它曾在港英时期有过成功的实践之外，更重要的是，只有行政主导的政治体制，才能确保“一国两制”方针的真正落实。只有确立行政对立法的主导地位，才能真正实现特区行政长官对中央负责的规定，从而照顾到“一国”的原则；只有赋予立法对行政一定程度的制衡职能，才能回应资本主义的香港在政治民主化方面的诉求，从而兼顾到“两制”的方针；而无论是立法主导的议会制，还是分权制衡的三权分立制，都无法最充分地实现这一点。
从横向关系来看，特区政治体制内部各种权力的运行受到包括特区法院、政党组织、功能团体以至市民意愿等等因素的影响。这些因素都在或多或少、直接或间接地制约着行政与立法在权力架构中的重心偏移。例如，作为议会选举重要参与者的政党组织，出于利益的分化以及立场的差异，有的乐于为政府施政提供有力的支撑，有的则愿意成为立法会里为反对而反对的反对派。相应的，在落实行政对立法主导地位的问题上，他们既可能施加正面的影响，也可能产生负面的作用。再如功能团体，作为不同社会分工的代表，自回归以来，他们在保障政府施政、促进行政与立法和谐、维护特区行政主导体制方面，的确起到了举足轻重的作用，是政府推行政策的较为稳固的支持力量。此外，由《基本法》第23条立法问题引发的游行示威，集中展现了市民意愿在香港政制发展中的重大影响。客观地讲，长期地理的分离必将导致心理的隔阂。在香港回归初期，部分居民的确存在着对中央的不信任，甚至产生抵触和对立的情绪。体现在行政与立法的关系问题上，就是容易对政府施政不满，进而削弱行政对立法的主导地位。当然，在可预见的将来，随着《基本法》的成功实践，相信对立和不信任的成份将会不断地减少，对行政主导的拥护和支持也会相应地增加。
