在组织机构具体设置方面，地方政府的组织机构基本上与中央政府组织机构的设置一一对应。从目前我国地方政府工作部门的设置情况看，基本上与中央政府各工作部门对口设立。非一一对应的，除部分实行垂直领导而仅在中央设立的部门外，目前各地在中央未设立相应组织机构的情况下直接设立的，主要限于诸如经济开发区管理委员会、风景名胜区管理委员会等。[7]相反，即便是一些省、自治区和直辖市具有典型地方特色事务而理应设置专门组织加以管理的领域，各地却并没有行政组织的设置。以笔者所在的江西省而言，鄱阳湖无疑是最具特色的区域，但对于其使用与管理，却一直既无相应的立法，也没有专门的行政组织负责管理。[8]
再次，是公务员管理制度。根据2005年4月27日公布的《公务员法》第10条的规定，虽然有“县级以上地方各级公务员主管部门负责本辖区内公务员的综合管理工作”之规定，但该条同时又确定：“中央公务员主管部门负责全国公务员的综合管理工作”，“上级公务员主管部门指导下级公务员主管部门的公务员管理工作。”应该说这一规定与宪法和《地方组织法》确立的“双重领导体制”是一致的，地方政府并不拥有对公务员的完全管理权。在公务员录用方面，虽然中央公务员管理部门仅负责组织中央机关及其直属机构公务员的录用，因而似乎地方政府分别拥有公务员的录用权。但事实并非如此。根据《公务员法》第22条之规定：“地方各级机关公务员的录用，由省级公务员主管部门负责组织，必要时省级公务员主管部门可以授权设区的市级公务员主管部门组织。”这意味着，真正拥有公务员录用的组织权的，仅有省级政府所属的公务员管理部门。换言之，省级以外的其他地方政府（通过其所属的公务员管理部门）并不具有组织公务员录用的权力。[9]同时，根据《公务员法》的规定，我国实行“公务员交流制度”。[10]在该制度下，除了同一级政府范围内不同部门之间的交流外，不同省、自治区、直辖市（不包括特别行政区）、一省内部不同市县之间，其主要政府官员—行政首长和司法首长—均实行异地交流。通常情况下，这种异地交流都是由上级党委和上级政府组织实施的。这意味着，尽管依照宪法和《地方组织法》之规定，它们应当由当地国家权力机关选举或决定，但这种选举或决定不过是一种纯粹的程序、形式，用民间流行的话说，不过是“正正规规走过场”而已。
同样重要的是，根据《公务员法》的规定：“公务员执行公务时，认为上级的决定或者命令有错误的，可以向上级提出改正或者撤销该决定或者命令的意见；上级不改变该决定或者命令，或者要求立即执行的，公务员应当执行该决定或者命令，执行的后果由上级负责，公务员不承担责任；但是，公务员执行明显违法的决定或者命令的，应当依法承担相应的责任。”[11]尽管该条中的“上级”，应主要指公务员所在机关内部的上级领导人员。但也并不完全排除上级机关，如上级政府、上级主管部门等。实务中因被迫执行上级机关的决定而获罪的个案可以视为其极端体现。[12]
