基层行政执法还常常涉及不利制裁的科处，在公安执法、公路交通、工商税务、药品监督等执法领域，为了维护公共安全和公共秩序，基层行政执法机关理论上应对所有违法行为都给予相应的行政处罚，但实际上由于执法资源的匮乏，致使某些相对人的合法权益未能得到保护。以公安执法为例，在实践中就普遍存在警力不足、案件负荷繁重的现象。[17]在执法资源受到制约的情况下，基层公安机关及警察没有足够的人员和时间处理所有潜在的工作，无法及时保护所有的受害人。为此，警察可能倾向于减少执法频次，以及根据事件的轻重缓急确定执法重点和次序，而这带来了广袤的警察裁量空间，以及一定程度上的执法随机性，这有可能会违反公民在法律面前一律平等的宪法原则。[18]
二、制约基层行政执法裁量权运行的社会因素
基层行政执法机关及人员在实际行使裁量权的过程中，并不是严格秉承法律方法和法律思维，调查和认定事实、解释和适用法律。在法治原理和规则之外的诸多社会因素，都会影响到基层行政执法裁量权的实际运行。
（一）案件负荷的压力
中国大量基层行政机关及其人员都面临“忙不过来”的情况，原因一方面在于其所处理的是第一线的行政事务，因此做出具体行政行为的数量多，涉及相当多的行政相对人。另一方面在于基层执法人力资源的不足。这种匮乏部分原因在于在行政机关中，相当数量人员希望能从事综合管理或专业技术岗位而非行政执法岗位。这些都加剧了基层行政执法的案件负荷。案件负荷的增加带来的是案件处理质量的下降，案件处理时间的延长，相对人对公共服务满意度的下降。[19]为此，应加大基层执法人员在行政系统中的比重，按照“宁缺机关，毋缺基层”的原则充实一线执法队伍。
（二）执法资源的稀缺
执法资源的稀缺可能是人力、财力、物力等诸方面资源的稀缺。以药品监督管理领域为例，截至2002年，全国共有1148个市、县药监机构无办公场所，绝大多数市、县机构只有1至2间办公用房，此外，缺乏开展执法检查、现场验收、案件办理所需的最基本交通工具和调查取证工具。[20]吴仪在2005年1月20日的讲话中指出，我国中西部地区80％以上的县级机构无稳定的办公用房，80％左右的地市级药检所的检验能力达不到规定要求。[21]
理论上，基层执法机关及其人员应对违法行为予以查处，而这要求行政机关进行后续的监督管理，通过日常行政调查等渠道以获取违法相对人的信息。但由于执法能力不足，执法资源稀缺，使得举报、信访等在行政处罚案源中占据重要比重，使得大量应被查处的违法案件和人员逍遥法外。在这种情况下，行政执法人员往往会优先选择那些在法律适用和事实认定上相对简单，并预期会收到较好社会反响的案件来加以优先处理，让自己的职业生涯尽可能获得加分的因素。[22]这也使得行政执法呈现某种意义的随机性，不能给予相对人一视同仁的平等对待。
（三）行政相对人与执法机关及人员的谈判能力
行政执法越到基层，执法人员就越可能来自其主管的辖区，越可能和相对人之间有着千丝万缕的联系，越可能受到法律之外的社会因素制约。同时，该辖区的较大企业往往可以和当地政府有良好的关系，这在环境、药品等基层执法领域表现得尤为明显。[23]作为行政相对人的大中型企业往往有着丰富的社会资源和人脉关系，这使得基层行政执法机构和人员常常对其束手无策，从而被迫网开一面。
（四）基层行政机关及其人员的“自利”倾向
在我国，单位制是造就某一基层行政机关所谓“部门利益”的重要历史遗产。时至今日基层行政机关依然是一个生活共同体，其执法人员的生活、福利都与该机关的性质和所谓“效益”息息相关。[24]基层行政执法人员的科层位序普遍不高，升迁发展机会受限，工作内容单调繁琐，因此他们就会更为看重自己所可能得到的实际利益。尽管确立了对行政事业性收费、罚没收入等财政非税收入的“收支两条线”制度，尽管《行政处罚法》规定了“做出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离”，但由于以划拨执法经费等形式变相返还罚款和收费的现象依然存在，负有处罚、收费等职能的行政机关依然有多处罚、多收费的激励。
