概言之，在检察实践中，从初查的具体任务反映出，初查目的除前述有关规定中明确的目的之外，还包括通过初查确立立案以后的侦查思路；启动初查的线索既包括被动受理的线索也包括主动发现的线索。初查的措施和初查的专门方法既有“询问、查询、勘验、鉴定”等常规的调查措施，又有“化装调查、耳目内线、秘录、调动布控”等特殊的调查方法。
二、我国现行职务犯罪初查制度的缺陷
我国现行职务犯罪初查制度是检察机关基于我国政治法律制度特征和反腐败政策选择，针对职务犯罪变化趋势和职务犯罪侦查规律所做出的制度回应。作为依法及时有效惩治职务犯罪不可缺失的制度，初查制度事实上已经成为中国特色社会主义检察制度和刑事司法制度的重要组成部分。但是，由于该制度是在检察实践中自然生成并不断演进，而理论和立法对该制度的关注不够，导致该制度的建设滞后于初查实践，存在严重缺陷：
（一）法律地位之缺陷
现行职务犯罪初查制度最大的缺陷是法律地位之缺陷，即初查在形式上不具有合法的法律地位，此点从初查的性质、措施及其方法上都可以得到佐证。
1.从其性质看，如果按照前述《诉讼规则》的规定，初查是继“受理”线索并审查线索之后，在决定是否“立案”之前的一个重要环节，也就是说初查属于立案阶段的刑事诉讼活动，因初查而形成的初查制度属于诉讼制度范畴，根据我国《立法法》第8条的规定，诉讼和仲裁制度只能通过制定法律进行规定，因此，作为司法解释的《诉讼规则》无权规定这种初查制度。
2.从其措施看，询问、查询、勘验、鉴定等都是《刑事诉讼法》意义上的侦查措施，而现行《刑事诉讼法》关于刑事“立案前的审查”没有规定这些措施。根据“公权力法无授权不可为”的基本原理，检察机关无权通过司法解释自我授权。
3.从专门的方法看，化装调查、耳目内线、秘录、调动布控等属于秘密调查范畴，我国关于秘密调查的这些专门方法，至今为止仅仅在《国家安全法》和《人民警察法》中有所规定，且只是可以使用技术侦查的原则性规定。世界各国对秘密侦查分不同的强制性程度适用不同的侦查控制机制，如果属深层次的秘密侦查，由于对人身权利的侵害性大都设置了特别的程序，有的甚至是司法审查程序。这些程序都由法律予以明确规定，这也是程序正当性和实施秘密侦查措施合法性的基础。然而，初查实践中的秘密调查方法没有层次之分，更无行使秘密调查权力的法律根据。
（二）程序制度之缺陷
作为客观实践中业已成为刑事诉讼程序制度组成部分的初查制度，现行规定也存在多层次缺陷。
1.初查措施供给不足。初查的目的是判明线索是否符合《刑事诉讼法》规定的立案条件，对立案条件的判明即使是主观认为也必须借助一定的客观依据，或者是通过调取一定的证据证明，或者是通过收集尚未成为证据的相关涉案信息说明，初查的基本任务是收集涉案信息和调取相关证据。由于初查所处的查案阶段具有特殊性，通常情况下以秘密进行为原则，然而秘密的实现还需借助一定的手段和谋略。因此，如前所述，在初查实践中，检察机关的侦查人员经常使用化装调查、耳目内线、秘录、调动布控等秘密措施，可是《诉讼规则》并没有规定这些措施。
2.初查措施缺乏刚性。根据《刑事诉讼法》第45条规定，人民检察院有权向有关单位和个人收集、调取证据，有关单位和个人应该如实提供。但是，在实践中由于没有立案，检察机关实施查询、询问等初查措施时，经常发生接受查询的单位以未立案为由而拒绝查询，接受询问的相对人因不具备证人的诉讼地位而拒不提供情况或提供虚假情况[7]，因而使初查措施难以实现初查目的。同时，由于现行初查制度没有规定被查询单位和被询问人的保密义务，即使提供了情况也经常出现泄露初查秘密的现象，给顺利推进初查带来影响。同时，实践中不少线索的初查工作离不开相关国家机关、社会机构的配合支持，为此我国的反腐败体制确立了“党委统一领导、党政齐抓共管、纪委组织协调、部门各负其责、依靠群众支持和参与”的工作机制。最高人民检察院也与一些部门通过联合发布相关文件建立了案件移送、协助调查、委托调查、信息交流、咨询等制度，但由于这些制度缺乏刚性，实践中，很多方面落实不到位。
