1996年1月16日，财政部、最高人民法院联合发布《人民法院诉讼费用暂行管理办法》[财文字[1996]4号]，自1996年1月1日起实行，《关于加强诉讼费用管理的暂行规定》同时废止。《人民法院诉讼费用暂行管理办法》（以下简称《暂行管理办法》）标志着我国法院经费保障体制进入新的阶段。
《暂行管理办法》开始在诉讼费用领域实行“收支两条线管理”，收取的诉讼费用扣除该案必要的办案经费支出后，应按期将结余及时上交同级财政专户，由财政部门按核定的数额拨付，并与预算内资金结合使用。诉讼费用使用范围主要用于补充办案所需业务经费和事先征得同级财政部门同意的其他支出。在沿用《暂行规定》的高级人民法院统筹制度处，又规定了最高人民法院的统筹制度。
1999年7月22日，财政部、最高人民法院联合发布《人民法院诉讼费用暂行管理办法》（财公字[1999]406号），自1999年10月1日起施行。原《人民法院诉讼费用暂行管理办法》（财文字[1996]4号）和《关于最高人民法院集中部分诉讼费用的实施办法》（法字[1996]81号）同时废止，标志着我国法院经费管理体制又进入一个新的阶段。该办法明确规定，各级人民法院依法收取的诉讼费用，属于国家财政性资金，诉讼收费制度是我国的一项重要司法制度。在诉讼费用的收取、诉讼费用的管理和使用、诉讼费用的监督和检查方面都有新的进展。“收支两条线”制度进一步落实。
财政部、最高人民法院2001年11月28日发布《人民法院财务管理暂行办法》（财行[2001]276号）。该办法从2002年1月1日起施行。该办法规定我国的审判成本即法院的支出主要由三大块构成：第一，基本支出，包括机关经费支出、外事经费支出和业务经费支出，其中机关经费支出包括人员经费和日常公用经费两部分。第二，项目支出，其范围按照财政部门规定的项目计划予以确认，其项目申报、审核、实施、监督检查和绩效考核按财政部门的有关项目管理办法执行。第三，自筹基本建设支出，包括法院业务用房、人民法庭建设支出。法院的审判成本是由人民法院的收入来支付的，人民法院的收入也由三块构成，即财政预算拨款收入、预算外资金收入以及其他合法收入。其中财政预算拨款收入，是指各级财政部门核定给人民法院的年度财政预算资金；预算外资金收入，指暂未纳入预算管理，由财政部门从财政专户按照规定核拨给人民法院的诉讼费收入和经财政部门核准由人民法院按计划使用，不上缴财政专户的少量预算外资金。从人民法院的收入结构看，不上缴财政专户的少量预算外资金和其他收入在人民法院总收入中所占比例甚微，人民法院的收入主要由诉讼费收入和财政拨款（即预算内收入）构成。
