一般而言，重大的刑事案件（特别是命案）一旦发生，公安机关就会面临强大的破案压力。上级公安机关、地方党政部门动辄提出“命案必破”的要求，甚至强调“限期破案”。公安机关为此承担着强大的政治压力和社会压力。一旦案件不能如期破案，公安机关的负责人就有可能在职业前途方面面临前所未有的负面影响。在此情况下，一旦抓获犯罪嫌疑人，宣告案件侦查破案，公安机关通常会强烈要求检察机关提起公诉，要求法院作出有罪判决。遇有事实不清、证据不足，或者在定罪方面存有较大疑点的案件，公安机关可以接受补充侦查的要求，但坚决拒绝那种“宣告无罪”的处理方案。为避免法院作出“宣告无罪”的裁决，公安机关甚至不惜动用一切政治和社会资源，为法院作出有罪裁决施加压力和影响。诸如政法委员会的协调、公检法“三长”会上的博弈等，就都属于这种较量和博弈的表现形式。这种由公安机关启动的内部协调公检法立场的做法，在杜培武、佘祥林和赵作海案件中都惊人一致地发生过，并成为法院迫于压力选择有罪判决的主要原因。毕竟，按照现行的政法体制，地方各级政法委员会作为党内领导政法工作的专门机构，其政治性远远高于法律性，遇有公检法机关发生分歧的场合，几乎普遍天然地倾向于公安机关的观点。再加上很多地方的公安局长通常都是政法委员会的书记、副书记甚至当地党委常委，在党内居于领导法院院长、检察院检察长的地位。这就越发使得政法委员会的协调乃至公检法机关的博弈变得对法院越来越不利，公安机关在这类内部决策过程中占据了绝对的话语权。结果，所谓“疑罪从有”，恰恰体现了公安机关主导刑事司法所带来的必然结果，也恰恰体现了法院甚至检察机关对公安机关的妥协。
命案一旦发生，被害人方面基于朴素的复仇、索赔的动机，往往会通过各种方式提出对被告人定罪判刑的要求，给公检法机关造成极大的社会压力。尤其是在公安机关向社会高调宣称案件侦破成功，甚至通过新闻媒体将被告人予以“妖魔化”报道之后，整个社会都产生了“被告人即是犯罪人”的认识，被害方势必对公检法机关“严惩犯罪人”形成极为强烈的心理期待。假如检察机关因为案件证据不足而退回补充侦查，假如法院因为案件没有达到法定证明标准而反复发回重审，被害方都可能产生强烈的反应，指责公检法机关“放纵犯罪”。又假如法院因为案件存在重大疑点而打算宣告被告人无罪，检察机关因为案件不具备起诉条件而有作出不起诉的设想，被害方都可能诉诸新闻媒体，或者直接提出申诉、上访，甚至将案件变成不同规模的群体事件。在佘祥林案件中，法院在反复发回重审过程中所面临的是被害方的申诉上访甚至人数多达200人的集体签名，所面对的是被害方所提出的对被告人适用死刑的要求。按照现行刑事诉讼法的要求，无论是侦查机关、公诉机关还是审判机关，都不应与案件的当事人及案件结局存在利害关系，否则，即有可能影响案件的公正处理。无论是侦查人员、公诉人还是审判人员，也不应与案件存在特定的利益关系，不能对案件存有先人为主的偏见或预断，否则即应通过回避程序退出案件的诉讼过程。但是，中国刑事司法中普遍存在的潜规则，却使得公检法机关与刑事案件的处理结局存在各种各样的利害关系，使得那些从事侦查、公诉和审判工作的司法人员程度不同地陷入与案件的利益关联之中。对于那些事实不清、证据不足，在定罪方面存有疑点的案件，法院如果作出无罪判决，将会使公诉机关受到极为负面的评价，使公诉人受到严重的负面考核结果；检察机关一旦作出不起诉、不批捕的决定，也会使侦查人员甚至负责侦查监督的检察官受到负面的考核结果。于是，遇有法院打算宣告无罪、检察机关准备不起诉的场合，侦查机关、公诉机关甚至下级法院都会异口同声地提出反对意见，通过各种手段阻挠这种“疑罪从无”结果的发生。
