另外，部分社会论在界定裁判权范围时，主题意旨鲜明，表述方式简洁，具有很强的解释力。它在日本法律界影响巨大，尤其是引用部分社会论的法院判决所形成的规模庞大判例群，本身就说明了该理论射程之远。经过半个多世纪的司法实践和学术雕琢，它已成为日本法学界的通说{9}，在日本社会具有广泛的影响。而且，部分社会论吸引了法理学、宪法学、民法学、行政法学、诉讼法学、宗教法等许多学科学者的浓厚兴趣，成为日本法学界的整体性问题。但不可否认，该理论模式也存在一些严重缺陷。
(一)理论基础不牢固
部分社会论的理论基础是，“有社会，就有法”的法社会学理论。该理论认为，法与国家之间没有必然的联系。马克思主义法学认为，法律与国家之间存在着必然联系，法律是由国家制定和认可，并由国家强制力保证实施的。法律与道德、宗教规范、风俗习惯、职业规范、社会团体内部规章制度等社会规范之间的重要区分标志，就是有无国家意志性。这是马克思主义法学对全人类法学发展的重要贡献，有助于摆脱人们对法律现象认识上的模糊和混沌。而部分社会论认为，国家的法律只是诸多法律中的一种，各类法律之间并无明显的界限，将法律等同于其他社会规范。而部分社会论的目的就在于，划分裁判权与团体自治权之间的界限，如果某一纠纷与全体社会的规则有关，那就属于审判权的范围；如果某一纠纷只与部分社会的规则有关，就应交给部分社会自己解决。如果将“有社会，就有法”的理论贯彻到底，不区分全体社会的规则与部分社会的规则的话，试图划定司法权界线的部分社会论本身就欠缺理论根基；反之，如果接受部分社会论，试图划分全体社会的规则与部分社会的规则的话，“有社会，就有法”也就难以成为其理论基础。正是由于部分社会论缺乏厚实的理论基础，在其辐射下做出的相关判例也没有得到有力的理论支持，逐渐暴露出一些不容忽视的问题。
(二)理论抽象度过高
部分社会论的理论前提是法秩序的多元化、个别化，而部分社会是各类社会团体的上位概念，部分社会论又具有一般的、概括的特点，这之间的矛盾是难以协调的。部分社会包括国会、地方议会、大学、学校、政党、宗教团体、律师协会、医师会，还有各种公司、社交团体、俱乐部，等等[14]，抽象掉它们个性的部分社会论难免流于空洞，必须根据各种团体的各自特点，以及纠纷、争议的性质，具体问题具体分析[15]。特别是必须区分出公共团体与多数人的契约关系(私人团体)。社会团体可能是公民行使结社自由的结果，也可能是国家权力运作而形成的。而部分社会论的立足点是保障团体自治权，保障公民的结社自由。通过国家权力而结成的社会团体，如地方议会、国公立大学等不属于“结社”自由的范畴，是部分社会论射程之外的其他问题。所以，日本学术界对将地方议会、国公立大学、政党、宗教团体等多种的团体都概括为“部分社会”，并从中抽象出共同法理的做法，存有重重疑问。这种怀疑情绪已经蔓延到裁判领域，在近期的判例中，至少“部分社会”的用语已不被使用，而是阐述各种团体的不同法理[2]。
