在业务机构的划分上，通常还有另外一个标准，即按照纵向的案件流程设检察机构，还是横向的按照案件或横向分工来确定，抑或是综合两种标准。如美国大中型检察机构多采取纵向与横向分工相结合，以横向分工为主的划分模式。在检察权行使的一般规律上讲，这种模式对于提高检察官的业务能力要求，提升检察官的司法能力、充分利用检察资源有好处，也可以避免检察工作中各项职能脱节，内部职能机构之间缺乏协调发展等问题。我国检察权具有不同于西方以公诉权为主要内容的检察权，但是作为现代检察权的一种形态，同样会体现和遵循一些相通的规律性要求。笔者认为，内设业务机构的划分上，可以综合考虑上述两种标准，即围绕着全面实现法律监督职能确定机构设置，同时也充分研究司法规律，兼采横向分工的划分标准。即在内设业务机构的划分上实行两次分解：首先按照全面履行法律监督职能的原则，依照法律监督职能分解检察权，基本采取按照案件流程的标准划分业务机构，如分为侦查、公诉、诉讼监督等主要部门；其次，在每一项具体的职能部门之下，基本采取按照案件或横向分工的方式确定业务分工，在此，可以与检察官的职权配置结合起来。这种想法的基本的考虑是，增强业务机构改革的理论和技术含量，使机构改革能够紧密联系实践需要，发挥其制度塑造功能和解决工作中的实际问题的功效。
（三）检察官的设置：以主诉检察官办案责任制为导入
独立行使检察权原则的涵义有待深入研究。检察权的独立行使应当体现在两个方面，一是检察机关整体对外部，特别是其他单位和个人的独立性，二是在检察机关内部也存在着检察官的相对独立问题，这是检察机关对外部独立行使检察权的重要支持和补充。主诉检察官办案责任制改革的主要价值也就在于，它有助于落实检察机关独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉之宪法原则。其次，它指向了检察机关内部检察权行使主体之间的权力配置问题，有助于减少检察权行使过程中的行政化色彩和按照行政权的行使规律管理检察工作的传统。在这个角度讲，主诉检察官办案责任制改革是检察改革当中，特别是机构改革视野中，少见的具有体制改革指向意义的内容之一。这样的改革探索对于组织机构改革是十分宝贵的。
在组织机构改革的范畴中探讨检察官的设置问题，有两个取向，一是理论研究意义，即究竟研究机构改革问题的基线在哪里，或者说落脚点在哪里，检察官在机构改革过程中具有什么意义，或者换言之，机构改革对于检察官的执法能力，某一项具体的法律监督能力、检察官的法律监督能力有什么关联，有什么促进；二是希望能够在理论论证的基础上，整合改革成果，解决类似于主诉检察官改革这样的改革举措如何才能够与检察改革的其他内容实现有效的勾连，特别是与机构改革的成果相协调发展，检验并推动整体检察改革的科学化发展。事实上，检察官办案工作机制等问题会涵摄在机构改革过程中，只是因为其重要性和改革的发展空间等的限制，会影响了它的协调发展。由此，在机构改革的视野下研究检察官的问题是一个论说语境的问题，更是一个实践问题。尽管关系到检察官的设置和检察官之间的组合关系、检察官的责权利等问题的解决是一个渐进的过程，但在实践意义上如何证成这种关联性，相信是十分重要的。
