2·检察机关与法院相对应设置的问题
我国检察机关的设置基本体现了与人民法院相对应设置的原则，但在名称上地方各级人民检察院的称谓没有冠以审级特点。检察改革的过程中，学术界提出了将人民检察院的设置在名称上与各级法院对应起来，如建议地方各级检察院分别称为高级人民检察院、中级人民检察院和基层人民检察院。笔者认为，这种改革有其便民、简便明了等特点，也与组织机构改革的宗旨和原则没有直接的冲突，但是，从完善有中国特色的社会主义检察制度的角度，从检察制度本身所具有的一定意与义上的行政性和检察系统的隶属性特点来看，以及我国检察机关与人民法院分别独立设置，检察机关的法律监督担负着维护法制统一的任务等方面分析，现行的按照行政区域区别检察机关的名称具有相当的合理性。改称按照审级确定检察权的名称，可能会与我国的检察制度的特点积极功能暗含某种冲突。
（二）关于内设机构改革
从目前检察机关内设机构改革所取得的成绩来看，主要是追求在形式和规模上规范化内设机构的设置。笔者认为，在内设机构设置的规范化改革的基础上，我们还应当深化研究一些列问题，从而推动机构改革的深入发展。
1·内设机构的改革方向
概括起来，各国检察机关内部组织机构的设置大体由三部分组成：（1）领导或决策机构；（2）业务机构；（3）事务机构（或称为综合性机构）。我国检察机关的内设机构同样体现为这样三类。在机构改革的实践中，调整、改革的对象主要是后两者，其中特别提出了加强业务机构，精简非业务机构的原则。应当说，这样的改革思路是符合我国检察工作的实际需要的，因而也是必要的。但是，从价值评价来看，我们说这种改革更多的还是一种一般意义上的、或形式意义上的机构调整，属于资源配置性的机构调整。其出发点在于从资源配置上增强检察机关的集体执法效能。同时它也多少带有行政机构改革的烙印。进一步的改革需要重点关注如内设机构的分类、划分标准、内设机构的功能、内设机构内部运行体制等问题，特别是划分标准和功能定位。应当从检察权的内容的角度进一步研究业务机构的划分和内部工作机制的改革。研究和解决领导或决策机构的构成和工作机制，如检察长和检察委员会的关系，检察委员会的构成、权限和议事程序等。
2·关于内设业务机构改革
有资料称，世界各国检察机关内设业务机构的设置，大体有四种类型[8]：一是以法律监督为中心设置内部机构，如前苏联和东欧国家；二是以公诉为中心设置内部机构，如日本；三是含有相当数量的刑事警察组织的内设机构设置模式，如意大利；四是弹性编组模式，如美国。这种模式分析与各国检察权的性质、定位和检察职能的内容密切相关。在这个意义上，我国检察机关的内设业务机构应当属于第一种模式。即以法律监督统领各项检察职能，指导各项检察职能的划分。
法律监督是我国检察权的宪法功能所在，是检察权的根本属性。法律监督职能要通过各项具体的检察职权得到落实。同时，检察权的具体行使需要遵循的基本规律是司法规律，即遵守诉讼程序。所以，需要研究三个问题，一是作为法律监督权的检察权的内容，即如何在法律监督的意义上概括和分解检察权能；二是研究诉讼程序，（在这个意义上讲，内设业务机构改革甚至可以不必单独强调“内部制约原则”因为，在科学分解检察权能的前提下、完善的诉讼程序运行本身就体现了权力制约。在程序的理念中，制约对于程序价值的解说是有限的）三是科学确定改革的原则，包括总的原则和具体原则。在此基础上，检察机关内设业务机构可以依据三项基本职权设置和进行调整、归并，即作为法律监督权的检察权可以分为职务犯罪案件的侦查权、公诉权和诉讼监督权三项，业务机构应主要体现为三部分。按照这样的思路调整业务机构，客观上会产生精简机构的效果。同时，配合弱化业务机构的业务管理色彩，突出不同级别的检察官的主体地位的改革要求，可以继续尝试推行新的工作机制。这样的精简不同于数量上的调整，而主要是为了转变业务机构，即科处室的职能，促进按现代的司法规律管理检察业务和检察官。这种以科学的分解职能、促进机构转变职能为核心的机构改革，也符合我国政治体制改革中政府机构改革的价值取向。同时，依照职能划分的业务机构，还应当以保持一定的开放性和包容性为检验标准，即机构的设计应当尽可能能够包容新的职能要求。
