上述三个方面的意见基本代表了对于检察机关组织机构改革认识和理解，从中可以看到三个问题：一是检察机关的组织机构改革在实践中主要体现为内设机构改革。而现阶段的改革突出强调“精简、统一、效能”的原则和“优化队伍结构、提高人员素质”的改革目标追求，以及“实事求是、因地制宜”的操作原则。这表明检察改革与国家政治体制改革中普遍强调的机构改革的精神是相适应，强调精简。与此同时，“独立行使检察权原则”在一般意义上得到强调，检察机构改革本身也注重整体职能作用的发挥，开始谋求摆脱行政色彩向专业化发展。这使改革显现出阶段性特征。二是对于检察机关组织机构改革的原则，学术观点也主要探讨内设机构改革问题。其中关注检察机关整体执法效能的提高的同时，更关注检察权运行规律的遵从和检察制度的科学化塑造。如对检察官相对独立、内部制约、检察一体等原则的强调，是十分难得的，机构改革需要加强理论研究的指导和推动。三是当前中央对司法改革的全局把握精神当中，体现出对制度内生之生长路径的遵循以及对改革的渐进性要求。
笔者认为，从检察机关组织机构改革的原则来看，在坚持中央司法体制改革的总体意见和最高人民检察院确定的检察改革指导思想和基本原则的前提下，有必要深化理论研究，应当分别研究组织机构改革总体应当遵从的方向性要求和各个层面的机构改革的技术性要求。这对于确定组织机构改革的方向和科学的推进改革十分重要。试将具体观点概要如下：
其一，检察机关组织机构改革总体上需要以三个要求或者三项原则为指导：1·落实检察权行使的组织形式。检察机关的组织机构归根结底是检察权运行的组织载体，检察权的有效运行在根本上有赖于权力行使之组织形式的落实。我国的检察权理论研究和检察改革面临的一个重要课题就是，研究检察权的行使规律，摆脱行政色彩，建立起一套体现现代司法规律的检察权运行的组织保障机制。为此应当重点研究检察机关组织机构的有机整体当中各个组成部分的关系、地位和对检察权行使的作用，准确定位组织机构改革的落脚点。其中，检察官在行使检察权方面的相对独立性问题应当引起重视。组织机构改革应当有助于在执法主体和最基本的环节方面激发和发挥个人的积极性、提高执法水准。2·强化检察工作的法治功能。体现强化法律监督，维护公平正义的要求。组织机构改革应当以增进检察机关整体的法律监督能力，推动检察机关更好地实现其法治功能为目标。为此，应当加快检察机关组织体系改革的研究，按照保障检察权独立行使、按照检察一体等原则的要求，加快专门检察院和派出检察院的改革步伐。3·完善有中国特色的社会主义检察制度。
其二，检察机关组织体系改革应当坚持的原则。受宪政体制和文化传统的影响，各国检察机关组织系统的设置模式不一，但是基本遵循一些普遍原则，包括：依法设置原则，与审判机关对应设置原则，按区域设置原则和适应实际需要设置原则。[7]我国检察机关拥有一个有中国特色的组织系统，其主要面临规范化发展问题。包括，检察机关的设置如何与人民法院的组织体系相协调发展；如何完善检察机关的领导体制，实现检察机关的一体化建设，促进人民检察院独立行使检察权；如何规范专门检察院和派出院的管理体制，统一国家司法管理体系等。为此组织体系改革应当坚持和强调几个原则：1·加强检察机关的集中统一领导；2·与审判机关对应设置；3·适应实际需要依法设置原则。
