上述三项内容构成了检察机关组织机构的有机体。如何看待他们对于检察权运行所具有的功能和作用，三者之间是一个什么样的关系，这是研究组织机构改革需要进一步思考的。笔者认为，组织体系是检察权运行的制度依托和保障，它解决的是检察权在国家权力结构中的地位，在国家体制中的地位问题，包括检察权与其他国家权力之间的关系，检察权在各个位阶上的关联关系，即领导体制问题等，进而决定中国检察权的权力禀赋。内设机构，是检察机关内部的职能分解、权力析分和管理形式问题。对于检察权的运行而言，内设机构提供一种工作机制上的影响和保障。而检察官，是检察权运行的基本组织形式和组织单元。就组织机构与检察权的关系而言，组织机构改革当中，组织体系是保障，内设机构是关键，检察官是根本。也就是说，组织机构改革应当关注检察官。改革的重要价值取向和目标追求，应当是有利于发挥检察官的作用、提高检察官的能力和素质。这种定位显然与现行的体制和理念不尽相符，它涉及到改革的方向和原则，也决定着改革的成效。
三、检察机关组织机构改革应当坚持的原则
检察机关组织机构改革坚持什么样的原则，直接反映了我们对于组织机构改革问题的整体把握和重视程度。对此，可以通过机构改革的历史回顾加以分析。[5]目前，对于机构改革的原则，主要有三个方面的思路：
第一，最高人民检察院2000年———2002年进行最高人民检察院和地方各级人民检察院内部机构改革所强调的原则。最高人民检察院2000年制定的《检察改革三年实施意见》第8项规定，“根据中央关于机构改革的总体部署，按照权责一致的原则，从有利于保障公正执法和充分履行法律监督职能的要求出发，科学调整检察机关内部机构，充实加强业务部门，精简、调整非业务机构，根据业务归口的原则，进一步调整检察机关业务部门的职责范围。精简基层检察院的内部机构。”2001年中央批准的《地方各级人民检察院机构改革意见》对人民检察院机构改革的原则作了具体规定，明确了四项原则：1·依法独立行使检察权的原则；2·精简、统一、效能的原则；3·优化队伍结构、提高人员素质的原则；4·实事求是、因地制宜的原则。
第二，近阶段对检察机关机构改革原则的学术研究意见。有观点认为检察机关内部机构设置的指导思想和原则应当包括六项：1·全面履行法律监督职能原则；2·检察一体原则；3·检察官相对独立原则；4·内部制约原则；5·加强业务部门、精简非业务机构的原则；6·地县两级人民检察院内部机构设置因地制宜原则。[6]
第三，当前司法改革过程中中央司法体制改革领导小组关于司法体制改革的意见和最高人民检察院的工作部署意见。为贯彻党的十六大精神、落实依法治国基本方略，积极稳妥地推进司法体制改革，2004年年底中央司法体制改革领导小组关于司法体制改革和工作机制改革的初步意见重申了十六大报告关于司法改革的要求。指出司法体制改革应遵循的五项原则，一是加强党对司法体制改革工作的领导；二是坚持四项基本原则；三是符合我国实际、；四是循序渐进；五是严格依法办事。根据中央的精神，最高人民检察院强调推进检察体制和工作机制改革要认真遵循五条原则：一是坚持四项基本原则；二是有利于推进依法治国，建设社会主义法治国家，保障在全社会实现公平正义；三是要从实际出发，立足于中国国情；四是要积极稳妥，循序渐进；五是要严格依法办事。
