在法庭审判上，检察机关具有行使国家追诉权能的“原告”身份与对审判活动行使法律监督权的“监督者”身份，检察机关无法做到置身事外的监督，违背了“任何人不能当自己的法官”的程序正义要求，并损害了司法裁判的终结性。此外，由另外的检察官进行事后监督又因为其“不知情”而无从监督。而且拥有“法律监督者”身份的检察官，因为其横竖一个“官”而有高人一等的身份和心态，不“甘”与作为被指控方的被告人处于平等的地位。控辩双方这种地位上的不平等性，会对司法裁判的公正性形成负面影响。但是，检察机关诉讼中缺乏完善有效的监督措施，使这种监督成为聋子耳朵，徒有虚名。
（四）全程监督困境
面面俱到的检察机关全程监督因为手段缺乏或者精力不济而有名无实，配合制约下的公检法机关同为专政工具而皆相当于政府职能部门，国家本位主义下平起平坐的控、审机关，导致控辩对等、审判居中的三方诉讼结构变异。
1.检察全程监督权。对刑事立案进行监督因为其滞后性以及在实践中案源少、范围不明确、程序不规范，对拒不立案、立而不侦没有后续手段，没有对违法行为进行调查惩戒权，也没有直接立案侦查或者直接移交公安立案的处分权。对“不应立而立”监督上的立法缺陷，高检规则（人民检察院刑事诉讼规则第378条）进行了弥补。对侦查机关的强制侦查措施进行审查正是检察机关行使法律监督权的重要体现。将强调行政权体系内监督的行政权运作规律运用到司法领域，忽略了刑事诉讼作为一种司法程序的特殊性，从而造成了“司法行政化”。检察机关对审判活动的法律监督权与其行使国家追诉权能相冲突，会造成法官对检察机关一定程度的“偏向”。
2.配合制约下的公检法关系。目前的“分工负责”指诉讼职能分工、职能管辖分工；在惩罚犯罪、维护社会稳定、保障实体法实施的目标指向同一性、贯彻“治罪”性质同一性下的“互相配合”，包含检警配合、检法配合；呈双向性、多样化的互相制约包含检警制约、检法制约。由于检察院对公安机关的监督、控制能力不足，不能主导公安机关的侦查活动，导致检控力量的减损，诉讼效率的降低，公安机关在侦查活动中缺少外部制约；检法关系的配合违背控审分离的刑事诉讼本质，制约违背“审判至上”的审判中心主义；由于缺少司法审查和令状制度，警法关系处于缺位状态。
