（二）控辩关系困境
基于审前阶段控辩能力上的先天差异和制度设计的不平等，为突出庭审效果，试图“以看得见的方式实现正义”而强调控辩对抗，却真正形成控辩之间的对立。为防止法官预断增强庭审实际效果而实行的检察起诉案件“复印件移送主义”，导致阅卷范围受限、控辩更加失衡。
在审前阶段，犯罪嫌疑人与辩护律师会见通信权受限、阅卷权和调查取证权得不到切实保障，侦查讯问时也未能确立律师在场权；公诉案件取消全案卷宗移送而改为移送证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片（刑事诉讼法第150条），又因为这一规定使辩护律师到法庭阅卷权范围受限，[9]影响辩护准备功能。
法庭上，公诉人或法官通常在警告“应当如实回答”的情况下强制讯问被告人。根据“坦白从宽、抗拒从严”的刑事政策，如果被告人拒绝回答公诉人或法官的提问或者保持沉默，或者在侦查、起诉阶段由于种种原因供认有罪，而在庭审中却当庭翻供，最终一旦被法院判决有罪，将因“认罪态度不好”而受到从重处罚；承袭原来审判人员讯问的强制性，但削弱了被告人作出回答的证据基础的公诉人讯问方式，反而促成被告人地位进一步“客体化”，被告人的任何辩解也会因公诉人随时“宣读”侦诉阶段的“讯问笔录”，而显得苍白无力，袖手旁观的法官更有“欺软怕硬”之嫌。
（三）检法关系困境
法院自行启动程序和越权裁判造成控审不分的检法关系困境，检察院对自己作为控诉一方的法院审判活动的监督，有违“任何人不能当自己的法官”的程序正义要求。首先，我国“复印件起诉主义”起诉和公诉的庭前审查方式不能排除预断。目前我国的庭前程序由庭审法官亲自上阵，独立包办，控辩双方都不到场，审查过程太简单，法院受案成为其与检察院对案件惯例性的“日常交接仪式”，缺乏辩护方的参与和对公诉权的有效制约，功能设置呈现单一性，[10]仅有准备功能，而不具备庭前程序应有的过滤、分流、庭前准备和司法审查等功能。[11]法官对公诉机关精挑细选出的带有明显控诉犯罪倾向的“主要证据”，恰好使法官“偏听偏信”，因为定期宣判判决的滞后，法官更倾向于从庭审后移送的案卷中“查实”被告人的犯罪事实。因为改革举措并无庭审实效，为了节约办公经费（复印机的损耗、复印纸费用）、时间、人力，而卷证移送重回老路的检察机关不在少数。在未开庭前法院的判决书已经“打”好或者直接在事先准备好的检察机关拷贝基础上进行修改。其次，立法对法院变更指控罪名没有程序和实体上的限制，实践中超越控诉审判。再者，在上诉审和审判监督程序中，法院可以自行启动，有背离控审分离之处。
