故此，将草案第1条、第2条合并为一条，明确规定：“为了保证刑法的正确实施，惩罚犯罪，保障人权，在刑事诉讼中实现实体公正和程序公正，提高诉讼效率，根据宪法，制定本法”。
“无罪推定”原则应当实至名归
无罪推定原则是现代刑事诉讼的基石，是国际社会公认的刑事诉讼最重要的原则。根据《公民权利和政治权利国际公约》的专责机构人权事务委员会于2007年7月在《第32号一般性意见》中的解释，无罪推定原则的基本要求是“检方提供控诉的证据，保证在排除所有合理怀疑证实有罪之前，应被视为无罪，确保对被告适用无罪推定原则，并根据这一原则对待受刑事指控者。”
与此对照，《修正案(草案)》的有关规定已完全符合上述要求：其一，第48条：“公诉案件中被告人有罪的举证责任由公诉机关承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。但是，法律另有规定的除外。”其二，第52条：“没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分，应当符合以下条件：(一)……;(二)……;(三)综合全案证据，所认实的事实已排除合理怀疑。”其三，第49条：“严禁刑讯逼供和以其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。”其四，第140条第3款：“对于补充侦查的案件，人民检察院认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定”;第162条：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。”其五，第12条：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”。显然，以上规定实质上已经符合无罪推定原则的要求，唯一缺乏的是没有在文字上直接表述出无罪推定原则，属于“实至名不归”。既然在制度层面已经全面贯彻了无罪推定的要求，草案应当旗帜鲜明地确立无罪推定原则。
故此，建议将修正草案第12条：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”修改为：“任何人在人民法院依法判决确定有罪之前，应当被视为无罪。”
明确规定反对强迫自证其罪原则
草案第49条规定：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。严禁刑讯逼供和以其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。”“不得强迫任何人证实自己有罪”的表述尽管在一定程度上体现了反对强迫自证其罪原则的要求，但是，就其在法典中所处的条文位置而言，根本无法充分反映该原则的实质精神：该原则不仅适用于受到追诉的犯罪嫌疑人、被告人，而且适用于提供证言的证人、鉴定人、被害人等。而且，在条文表述上采用“证实”二字，也明显背离了该原则“禁止强迫作不利于自己的陈述”的要求。
为此，建议采用公约的表述，在草案第13条的位置明确规定：“不得强迫任何人作不利于他自己的证言或强迫其承认自己有罪。”
有学者认为，既然草案第49条规定：“……不得强迫任何人证实自己有罪。”就应当取消第93条规定的犯罪嫌疑人受讯问时“应当如实回答”，因为这两者之间是直接冲突的。故此，建议第117条删除“犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答。”。
有学者还进一步建议，立法至少应当在审判阶段，明确规定“被告人享有保持沉默的权利。”
完善刑事诉讼法原则的规定，为刑事诉讼制度的可持续发展奠定基础
刑事诉讼法原则是一种抽象的法律规范。此类规定虽然不具有具体操作性，却体现了一种价值导向，而且可以为未来的刑事诉讼制度发展预留必要的空间。为此，建议增加“程序法定原则”、“证据裁判原则”。
（1）程序法定原则
建议将草案第3条第二款“人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。”修改为：“未经法定程序，公安机关、人民检察院、人民法院不得进行侦查、追诉、审判和惩罚。”
（2）证据裁判原则
《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第二条已确立了证据裁判原则。故此，应参照上述司法解释，在草案第12条后，增加关于证据裁判原则，以期与修改后的第12条（无罪推定原则）相呼应，进一步完善我国刑事诉讼法基本原则的体系。具体条文如下：
