首先，要做到打击犯罪与保障人权并重。在案件办理中，应当全面收集有罪与无罪证据。实践中，有的办案人员忽视无罪证据的收集。例如，别人给犯罪嫌疑人送了九千块钱，别人小孩结婚的时候犯罪嫌疑人送去了七千块钱加上一个玉佩，总体价格与那人送他的差不多，办案人员只是记载了别人给他送东西的事实，他还给别人东西的事实都没有记载。这样收集证据，是十分危险的，很容易导致冤假错案。
其次，要做到实体公正与程序公正并重。程序的价值在于保证实体价值的实现。同时，诉讼程序本身还有它的独立价值，即程序公正本身直接体现出来的民主、法治、人权和文明的精神。这些是不依赖于实现实体而存在的，其本身就是社会正义的一项重要内容。公正的刑事诉讼程序，譬如，依法收集证据、保障辩护权、排除非法证据等，一方面直接体现司法活动的民主和人权精神，体现“看得见”的正义，同时会使案件的处理客观公正，更容易平衡当事人心理，使社会冲突更容易消除。因此，程序公正不单纯是手段，而且也是重要的目的本身。随着刑事诉讼法的不断完善，程序问题在诉讼中的地位越来越凸显，将来在法庭上与程序性问题有关的争议可能会超过实体性问题，包括非法证据排除问题。这也必须引起检察机关的高度重视。
再次，要确立证据收集、审查判断都要以法庭审理时的标准为标准的观念。“两个证据规定”的出台，实际上确立了以法庭审理的标准作为审查判断证据的标准。就是说，侦查、审查起诉活动中对证据的收集、审查、判断，都应当围绕法庭审理对证据标准的要求去考量、办理和操作。例如，在办理贪污贿赂案件中，证据的收集运用大体可以划分三个大的阶段。即如果这个案子之前是纪检监察部门办理的，之前有一个证据收集和审查判断的过程，然后移交给反贪污贿赂部门，侦查终结后移送给审查起诉部门，再由公诉部门起诉到法院。在这里，纪检监察阶段是一个环节，之后的侦查和公诉整个检察阶段是一个大的环节，然后再到法庭，法庭审理阶段是一个环节。从这个角度来讲。不管之前经过哪些环节，最后都要到法庭。这需要办案人员换位思考。就是说，在收集、审查判断证据的时候，一定要考虑将来律师会怎么对这个证据进行质证，法官会怎么考虑这个证据。因为在侦查阶段收集、审查判断证据就是为将来公诉在法庭上使用做准备的。因此，办理案件需要按照法庭审理的标准去审查判断证据。当然，这个法庭不只是法官的法庭，是控辩裁三方的法庭，是适用法律的法庭，其中包括检察机关的活动在内。因此，树立以法庭审理所要适用的证据标准来作为收集和审查判断证据的标准的观念是十分重要的，也是正确理解、贯彻两个规定的基本前提。
最后，应当注意收集其他证据，树立不依赖口供的观念。要重视口供，但不能依赖口供，更要重视口供以外证据的收集。贿赂案件的证据通常是口供，但也不是所有的贿赂案件只有口供。除了口供之外还有日记、账册、银行记录等。这些都是非常重要的证据。也就是说，除了口供以外，可能还会挖掘到其他的证据。另外，应当很好的利用污点证人，还应当与量刑建议等衔接起来，运用法律和政策鼓励犯罪嫌疑人认罪。此外，应当充分运用技术侦查手段。如利用公安机关的技术手段，运用心理测试检查等。还应当重视同步录音录像，尤其是要注意做到全程同步录音录像。如果讯问过程的合法性发生争议，全程同步录音录像就是有力的证据，若只能拿出一个片段，在法庭上就会十分被动。
