2.在监督客体上。《规定》第十三条和第十四条表明，人民监督员监督的客体主要是所谓的三类案件和五种情形。三类案件包括：（一）犯罪嫌疑人不服逮捕决定的；（二）拟撤销案件的；（三）拟不起诉的。发现人民检察院在查办职务犯罪的案件中有五种情形的，可以提出意见。五种情形包括：（一）应当立案而不立案或者不应当立案而立案的；（二）超期羁押的；（三）违法搜查、扣押、冻结的；（四）应当给予刑事赔偿而不依法予以确认或者不执行刑事赔偿决定的；（五）检察人员在办案中有徇私舞弊、贪赃枉法、刑讯逼供、暴力取证等违法违纪情况的。
对于《规定》中的人民监督员的监督客体，现在有争议的主要有两点：一是认为对不服逮捕决定的不应纳入监督范围，因其不是一种实体处分；二是认为应将公安机关侦查的案件也纳入监督范围。观点一是一种典型的实体、程序轻重处置错位的表现，也没有真正理解监督的本质。对不服逮捕决定的更应当列入监督疆域，因为其暗合侦查谦抑的理念，符合现代司法慎用逮捕权的精神。笔者对观点二持相同意见。人民监督员制度是基于完善监督之网而设立的，通过这种监督，可以有效地弥补当前检察机关对警察侦查行为监督无力的现状。笔者认为，应当把所有的涉及公民较为重要权益的强制侦查行为列入人民监督员监督的客体范畴。
3.在监督的程序问题上。其一，实行强制报告制度。每位人民监督员每年应当对自己监督辖区的违法侦查行为情况向负责的人大委员会报告并接受审查，不能获得信任的人民监督员如果投票过半数可以被免职。其二，为了防止外界的干扰，可以规定人民监督员仅向人大负责。为了管理上的方便，可以把全国划分为数个监督区。人大在每个监督区派驻工作小组，由人民监督员向小组负责，从而有效防止地方干扰监督的现象。此外，可以采取每隔一段时间互相调换监督地区的做法，保证监督的独立、客观、公正和有效[12]。其三，在具体程序方面，由于人民监督员的监督直接涉及犯罪嫌疑人的利益，根据程序公正的理念，应当允许犯罪嫌疑人充分发表意见，在人民监督员的监督程序中，应考虑与全程同步录音录像制度相衔接，增加有关人民监督员听取犯罪嫌疑人陈述或辩解的详细规定。并具体规定人民监督员对全程同步录音录像的参与、监督、原始证据保全和真实性审查的程序。使得人民监督员对办理自侦案件的监督起到切实作用，更有效地防止刑讯逼供，保障公民合法权益。
4.在监督的效力保障问题上。《规定》在第二十五条和第二十六条规定了本级检察长或者检察委员会对监督意见进行审查，检察委员会的决定与多数人民监督员表决意见不一致时，可以要求提请上一级人民检察院复核。除了上述规定外，还应当实行强制备案制度，即把人民监督员的监督书面材料呈交同级人大和上级人大备案，防止无据可查，同时还可以作为人大召开时的人大代表质询时的参考。在检察机关的侦查部门接受质询时，如果无正当理由，应当纠正以前的做法并承担相应责任。
