我国1989年《精神疾病司法鉴定暂行规定》规定了精神疾病司法鉴定的机构和人员资质等问题，其第3、4、5条规定了精神疾病司法鉴定委员会的设立、组成及人员选派等问题，[15]第13条规定了鉴定人的资质要求：（1）具有五年以上精神科临床经验并具有司法精神病学知识的主治医师以上人员；（2）具有司法精神病学知识、经验和工作能力的主检法医师以上人员。但1996年《刑事诉讼法》第120条规定，”对于人身伤害的医学鉴定有争议需要重新鉴定或者对精神病的医学鉴定，由省级人民政府指定的医院进行。鉴定人进行鉴定后，应当写出鉴定结论，并且由鉴定人签名，医院加盖公章。“根据新法优于旧法的原则，《精神疾病司法鉴定暂行规定》中与刑事诉讼法相抵触的内容自动失效，即其第二章关于司法精神鉴定机构、第四章关于鉴定人的资格等与刑事诉讼法的规定相抵触的内容自动失效，精神疾病的鉴定工作移交省级人民政府指定的医院进行，对从事鉴定的医生的资质也没有明确规定，而在司法实践中，精神疾病的鉴定工作一般是由具有相应资质的精神疾病专科医院进行的，也不由所谓司法鉴定委员会进行。
新刑事诉讼法的这一规定，导致我国在精神鉴定的鉴定人选任制度上产生以下问题：首先，在实践中，一般是司法机关委托有相应资质的医院进行鉴定，但是具体由谁作鉴定人，则由被委托的医院决定，这实际上架空了司法机关对鉴定人的选任权，存在司法鉴定委托权行使缺位的情况，同时医院的领导代替司法人员委托鉴定人，越权行使应该属于法官行使的对鉴定者的资格审查权，这又是司法权错位行使的表现。其次，我国对鉴定人的资格没有统一而明确的规定，既未实施全国统一的鉴定人考试制度，又未实行鉴定人名册登录制度。虽然鉴定人要在鉴定结论上签名，鉴定人故意作虚假鉴定的应当承担法律责任，但是，受委托的鉴定机关是医院而非鉴定人，司法机关对鉴定人并没有任何有效的监督，对鉴定人的资质、职业道德和专门知识均无监督、审查权，这与刑事诉讼的要求是相冲突的。再次，将精神鉴定的主体限定在医院，不符合我国的实际情况，既无法满足实践需要，又造成极大的资源浪费。一方面，我国的司法精神病学作为一门新兴的独立的学科起步较晚，许多医院还未设立精神科，从事精神鉴定的专业人员也很少，一般只能由临床精神科实践经验丰富的老医师作为鉴定人，但他们普遍缺乏司法精神病学的专业知识和经验，对司法精神病学鉴定的特殊性、复杂性往往缺乏理解或体验，也没有相应的法学知识。另一方面，根据1989年的《暂行规定》，我国许多公安机关、检察院、法院都设立了自己的精神疾病司法鉴定机构，在长期的司法实践中，培养了一大批分散于各个部门专门从事精神鉴定的法医，另外如司法部司法鉴定科学技术研究所、北京大学司法鉴定室等机构一直开展精神鉴定业务。而《刑事诉讼法》的修订，从法律上排斥了不在医院工作但具有丰富的精神鉴定知识和经验的人员从事鉴定的可能，造成了专业人才的闲置和浪费，也影响了精神鉴定水平的提高。[16]
值得一提的是，全国人大常委会2005年2月28日通过了《关于司法鉴定管理问题的决定》，具体规定了对鉴定人和鉴定机构的管理问题。[17]该决定规定对从事司法鉴定业务的个人和机构实行登记管理制度，并且具体规定了鉴定人和鉴定机构的业务资质，根据这一决定，从事精神鉴定的主体也不限于医院，任何具有相应资质的单位和个人都可申请开业从事司法鉴定业务。这说明我国对鉴定人的资格已有较为明确的规定，我国的鉴定人制度也将由此走向规范化、科学化和合理化。
第二，鉴定资料收集的困难。
刑事诉讼中的精神鉴定，其对象是行为人实施危害行为时的精神状态，是一种回顾性的事后鉴定，往往在行为人实施危害行为一段时间后才能进行。间隔的时间越长，鉴定中遇到的客观困难就越多。而精神鉴定主要是从鉴定人诊断时行为人的精神状态去推断行为人行为时的精神状态，这种对作案时精神状态的回顾性检查往往比普通的临床诊断的难度更大，对诊断水平、临床经验和资料收集的要求也更高。[18]难度主要表现在鉴定材料很难收集，但这些材料是进行鉴定的重要依据，包括病史和案情材料两部分。病史材料涉及被鉴定人的家族史、个人史、婚姻史、躯体病史、精神疾病史，作案前、作案时、作案后有无精神异常的表现；案情材料包括作案的详细经过及认定的根据。这些材料都是由委托的司法机关提供，鉴定人认为提供的材料不够充分时，有权要求委托机关补充提供，鉴定人如果要自己调查、收集鉴定所需要的有关材料，必须经过司法机关的同意。只有鉴定所需要的材料全面、充分、可靠，鉴定人才能进行医学上的诊断。但是，这难度很大。从被鉴定人来看，被鉴定人缺乏合作的意愿、被鉴定人弄不清楚自己年龄、服药及生活习惯，或被鉴定人本身有太多偏离常轨的病征等都会导致鉴定人无法获取真实的材料。而且，伪装精神疾病的案件时有发生，例如被鉴定人伪装遗忘、伪装某些精神症状，如幻觉、妄想、行为紊乱等。被鉴定人不合作及伪装干扰甚至破坏了反映实际精神状态的信息，给正确判定其精神状态增加了困难。（此外，被鉴定人的亲属、同事或其他人由于利益或其他原因可能提供不真实的材料。针对这一问题，精神医学家建议，在对病情资料进行审查时，案前真实的医疗文件最具有说服力，如果案前被鉴定人没有就医经历，若有他人了解被鉴定人的情况，案件的另一方或中立的旁观者提供的资料应该优先采信，在没有医疗文件和其他旁证证明被鉴定人精神异常的情况下，采信被鉴定人本人及家属单方面提供的作案时的病情陈述应极为谨慎。在法律上，这种证言属于孤证，在没有充分理由的情况下，取信孤证，是不公正的。[19]
