实践中担保金额通常难以确定。因为申请诉前海事证据保全时申请人尚未提出诉讼请求金额，即使申请人提出了诉讼请求金额，与被申请人因证据保全的实施可能遭受的损失往往并不一致，从而成为诉前海事证据保全的难题之一。
第二，保全程度的确定问题。查封和扣押是财产保全的两种重要措施，其方式是控制财产的流转（处分权），目的是利于判决的执行。而证据保全是“对证据加以固定和保护，并且采取正确的方法将证据的证明力保存下来”的一种措施，其目的在于案件的审理而不在于判决的执行。所以，保全的方式只要能有效地保存证据的证明力即可，而没有必要一定控制财产的流转。当然如果只有控制财产的流转才能取得证据，采取查封或扣押的措施也是完全应当的。总之，法院进行证据保全时，应当注意方式和方法，尽量减少保全风险和当事人的损失，以维护当事人的合法经济权益和商誉权益，避免申请人随意甚至恶意利用法律的漏洞和滥用证据保全措施，使双方的诉讼地位、权利义务自此处于不平等状态，并由此引起诉讼中的新争议。
第三，审查时间过短的问题。海诉法规定，海事法院接受申请后“应当在48小时内做出裁定。裁定采取海事证据保全措施的，应当立即执行；对不符合海事证据保全条件的，裁定驳回其申请。”在如此短的时间内做出最终裁定其难度可想而知。诉前证据保全审查的范围比较广，特别是申请人是否拥有证据证明所申请的证据与其海事请求之间的联系、能否说明不及时采取保全措施，证据将会灭失或难以取得，担保的手续是否合法、担保的金额是否适当等问题往往难以在48小时内做出明确判断。
第四，法院保全不当的国家赔偿责任问题。采取证据保全措施的机关是法院，在理论上法院对是否采取诉前海事证据保全措施及可能产生的法律后果应当具有预见性，也应当对此承担相应的责任。如果法院应当保全而未保全或未及时保全，或不应保全而采取了保全措施的，都有可能对当事人的合法权益造成程度不同的损害，只要符合国家赔偿法的规定，就要向当事人承担损害赔偿责任。多数情况下，基于认识上的局限或情势变更等客观原因造成的损失，不适用国家赔偿法，但不排除法院内部岗位责任制的追究。所以，法院对于证据保全应当慎之又慎。
第五，申请人参与诉前证据保全裁定的执行问题。一种观点认为证据保全措施应当由法院执行，申请人无权参与。反之，如果申请人参与证据保全，可能导致对方当事人对司法公正产生怀疑。特别是当被申请人在外地而申请人在受诉法院地时，还容易导致地方保护主义滋生。另一种观点认为，申请人可以向法院申请参与诉前证据保全，必要时法院也可以同意申请人参与。因为申请人往往比较了解被保全证据的处所、内容及范围。因此，应当根据案情的需要，准许申请人参与证据保全，协助法院顺利采取证据保全措施。我们认为，后者比较具有可操作性，但应由法律明确做出对申请人参与诉前证据保全的条件限定，以防造成滥用。
