内部独立包括上下级法院之间、审判组织之间、法官与院长庭长之间、不同法官之间的独立。内部独立关键在于司法权力行使必须非行政化。
首先要正确处理上下级法院之间的关系。在我国，上下级法院之间在审判上是监督关系，在工作上是指导关系，但决不是领导关系。下级法院在审级上是独立的，上级法院进行监督也主要是通过二审、复核或再审程序来实现。上下级法院之间不能搞命令与服从，不能将审判机关混同于行政机关的隶属关系。否则，审级制度将变得毫无意义。当前理顺上下级法院关系一方面要严格控制下级法院就个案向上级法院请示，另一方面上级法院不得以法律程序以外的其他任何方式对下级法院正在审理的案件施加影响。
其次，要改变“陪而不审”、“合而不议”、“审而不判”现象，保证独任审判员、合议庭、审判委员会各自依法行使审判权。院、庭长只能通过审判组织及程序行使审判权，在合议庭、审判委员会中，院、庭长与其他法官或委员享有同等的权力，除此之外，院、庭长不能利用其行政职权对具体案件的审判加以干预。
第三，确保内部独立实现要特别强调法官的独立。在我国，人民法院独立审判有宪法的规定，有人根据字面含义认为独立审判不能理解为法官独立审判；也有人认为，法官独立审判，不能体现党的领导和人大的监督。我们认为上述认识都是片面的。独立的法院、法官是独立的司法权的承担者，没有独立的法官，法院的独立审判也就失去了具体实施者。因此，脱离法官独立的所谓独立审判是不存在的。司法活动的特殊性决定了审判者必须亲历法庭，独立自主，自审自裁。恩格斯将法官“单独提出自己的判决并陈述其理由”作为法治的标志，而把将法官仅视为数量上的一个单位而没有独立判决权和陈述权的法院戏称为“行政集议机构”。在这样一种机构里，法官成为一种“无面目的法官”。法官独立是世界通行之惯例，《世界司法独立宣言》规定：每一位法官都应自主地依据对事实之判断及法律之了解，公平地决定所系属的事务，不受任何方面及任何理由直接或间接的限制、影响、诱导、压力、恐吓或干涉；法官在作出判决的过程中，应独立于其同僚及监督者，任何上级法院或任何高级的法官都无权干涉法官自由地宣示其判决。我国《法官法》第八条规定，法官享有“依法审判案件不受行政机关、社会团体和个人的干涉”的权利。这充分说明，独立审判也必将是法官独立审判。如果不强调法官独立，法院对外可能是独立的，但在法院内部，审判权的具体行使就完全可能成为等级裁判的翻版即按照行政决策方式裁判案件。在国外，为维护法官独立原则，其要求极为“苛求”。在德国，曾经发生一位法院院长出于好心在一位法官的判决书上修改了一个应改的字而被判定违纪最后导致院长辞职的事件。对此，我们一般人感觉很难理解。傅德大法官就此分析认为，“如果允许院长修改，那么界限应该划在什么地方呢？这件案件如果以支持院长告终，则可能导致院长在职权不明时擅自修改判决书，所以，为了从总体上保障法官的独立性，这种特别苛刻的处理是必要的。”[7]
