第二，法院调解存在着一定的强制机制，忽视了对当事人程序权利的保护。根据我国民事诉讼法的规定，法院调解应当在事实清楚、分清是非责任基础上，合法、自愿地进行。这也是我国法院调解的应当遵循的基本原则，一般认为自愿原则居于首要地位。调解从法理上讲，追求的是当事人之间在强制性的判决之外就纠纷的利益达成合意，这种合意是自愿的而非强制的，否则就有违调解的本意，这是对当事人处分权这一基本诉讼权利的尊重，尊重其对程序的选择。但是，由于我国民事诉讼结构的原因，调解的自愿原则明显淡化了。我国传统的民事诉讼结构被学者称之为“超职权主义模式”，即法官作用大，当事人作用小，法官主动而当事人消极，法官在诉讼过程中居于绝对的主导地位。经过这些年的民事审判改革，虽然法官的主动色彩已经有很大的弱化，但是仍然具有鲜明的职权主义色彩。在这种诉讼结构中的法院调解，法官具有纠纷调解人和裁判者的双重身份，在调解过程中始终居于主导地位。作为调解的主导者，法官总是要或多或少地运用审判权对调解施加影响，传统上法院对调解地追求和计算调解率的工作衡量标准，也使法官愿意施加这种影响。当法官向当事人表示或显露是以裁判者的身份而不是调解者的身份进行调解，无论是发表意见、提出协议方案，还是对当事人进行说服，都使当事人不得不认真考虑法官的意志，忧虑一旦违背法官的意志在以后的裁判上可能面临的不利后果。因而在这样的情况下，当事人合意的自愿色彩被明显弱化，很难完全出于自己的意志自由地作出选择，特别是在法官在实践中以拖、压等方式，对案件处理或明或暗地表露自己的结论或处理倾向后，这种调解无论在形式上是多么的自愿，实质上都被否定了。
第三，缺乏对法官的约束，影响司法公正和效率。有学者认为，在法院调解中，无论是实体法还是程序法对法官的约束都被软化了。在当事人自愿的形式下，实体法对法官的约束软化，因为即使不符合实体法对当事人权利义务的设定，也可以回之以是当事人自己同意的，是尊重当事人处分权的理由，而为了达成调解协议，法官往往要打破实体法为当事人之间规定权利义务关系的平衡，却没有判决中维护、恢复这种平衡的必然义务。同时，在法院调解中，调解的条款较少，规定的比较原则、抽象，使得法官主持调解所应遵循的程序规范严重不足，而且现有的程序规定对如何约束法官考虑的也比较少，法官在主持调解的程序上存在很大的随意性和流动性，如调解的时间、地点、参加人员、调解涉及的内容、对案件事实和证据的表述等经常按照法官的意志改变，调解过程显得很不规范和严肃，而且调解期限和次数由法官决定，什么情况下可以继续调解，什么情况下应当约束调解都没有硬性得程序性规定，法官为了达到调解目的，往往强行反复调解、久调不决，与诉讼的本质特征有明显的差别。权力必须在约束下行使，在我国法院调解仍然是审判权解决纠纷的方式，在当前工作市场经济的社会环境下，这种双重约束软化十分不利于司法公正和效率的实现，极易造成司法腐败和司法拖延，即使没有人情和利益的影响在内，也是一种司法专横。这种情况继续下去，必然破坏社会成员对司法的信任，破坏其对法律的尊崇和法治信念。
