第四，处理侵权行为的司法手段仍不够完善。专利法对人民法院处理专利侵权行为的司法制裁形式没有作出规定。笔者认为，为了加强对专利权的司法保护，应当专门增加一条有关民事责任形式和司法手段的规定：实施专利侵权行为的，应当承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、返还财产、赔偿损失等民事责任。人民法院可以收缴、销毁侵权工具、产品等财物，没收非法所得。为解决上述问题，保证行政机关和司法机关协调、高效地处理专利民事侵权争议，笔者认为应从以下几个方面完善现行立法：
1.明确规定程序选择的单一性。对于专利的侵权纠纷，当事人可以在诉讼救济与行政救济之间自由选择，但是只能择其一；如果当事人二者都选，则由最先受理的机关取得管辖权。
2.设立专门机构主管行政裁决，完善行政救济的程序。行政裁决在形式上具有“准司法性”。
在专利管理机关的行政调处活动中，专利管理机关所扮演的是一个公证人和裁判者的角色即类似于法官。为了使专利管理机关能够公正地断案，行政裁决机构的专门化是必要条件。没有专门机构，行政裁决不是流于形式，就是难保其正确、合理。在这一问题上，英国的行政裁判所制度为我们提供了较好的先例。而且，实现诉讼程序在行政裁决中的渗透也符合TRIPS协议的基本意旨。TRIPS协议在知识产权执法与执法的程序中的第二节行政、民事救济程序中，共规定了9个条文，其中有7个条文规定了执法的民事诉讼程序，仅在最后第49条规定，如以行政程序进行民事救济，应当适用本节规定民事程序一样的规则。由此可见，TRIPS协议强调民事诉讼程序执法的倾向，处理民事纠纷的行政程序同样适用民事诉讼程序。
因此，为了完善我国目前专利侵权纠纷的行政救济制度，笔者认为专利管理机关内部应当建立相对独立的机构，完善处理民事争议的程序，以保障管理机关处理民事争议的质量。同时，立法应完善专利侵权纠纷行政裁决的处理程序，对专利侵权纠纷的受理、调查、审查、听证、辩论、裁决所涉及的步骤、环节、顺序、时限等作出明确规定，以保证专利保障程序及时、公正和合理。
3.改革现有的专利侵权处理程序，加强行政机关和司法机关在处理专利侵权纠纷时的协同性。我国现行《专利法》规定：对于行政管理机关具有管辖权的专利侵权案件，当事人不服行政裁决的，可以向法院提起行政诉讼。通常行政诉讼仅审查行政行为的合法性。当事人由于不服专利管理机关就专利纠纷进行调处而提起的诉讼涉及到纠纷当事人的民事权益争议，而法院又无权对民事争议直接处理，如果当事人在行政诉讼一审后又上诉，不管二审法院认定行政机关裁决的正当性，还是要求行政机关重新作出裁决，此时整个纠纷解决过程既偏离了所要解决的问题的核心，又繁琐、冗长，违背了效率原则。
