我国《专利法》自1985年生效实施以来，分别经过了1992年和2000年两次修改。2000年的修改中有不少内容涉及专利纠纷的处理程序，例如：取消了撤销程序，增加了实用新型、外观设计专利复审、无效决定由法院进行司法审查的规定；增加了专利权人或者利害关系人可以在起诉前向人民法院申请责令停止有关行为(禁止令)、财产保全的诉前临时司法措施。同时专利法也对专利管理机关处理侵权纠纷的程序进行了比较明确的规定，并规定了不同的法律效果。然而，修改后的《专利法》对专利侵权纠纷处理的具体程序规定得还不够完善，导致实践中仍存在很多问题。
第一，行政裁决权与司法审判权的冲突。当发生侵权纠纷时，假如当事人先向法院起诉要求判令侵权人停止侵权行为，法院经审理认为不存在侵权事实并驳回当事人的起诉或判决其败诉时，则当事人仍有权请求行政机关责令侵权人停止侵权行为。由于办案人员主观认识、从业经历的差异，对同一事件，行政人员很可能作出与法官截然相反的处理结果。反之，如果当事人先请求行政救济，前述情况也可能会发生。对同一案件，由相同的实体法调整，却因为由不同的权力机关适用不同的程序处理，则可能产生不同的法律后果。
第二，行政审判权与司法审判权的冲突。专利管理部门受理当事人请求处理侵权纠纷的时候，只拥有认定侵权行为是否成立、是否应当作出决定责令侵权人停止侵权行为的权力；当事人不服的，有权提起行政诉讼。当事人也可以直接选择民事诉讼途径请求救济。按我国现行立法，行政诉讼与民事诉讼的性质截然不同，而二者解决的对象却是同一民事纠纷。而且，行政诉讼与民事诉讼通常是在同一法院的不同审判庭进行的，行政诉讼一般是请求撤销行政裁决，民事诉讼则是请求赔偿。这就很有可能出现一边认定不侵权而另一边则确定了侵权赔偿数额的冲突。
第三，程序处理上的重复、低效。由行政机关处理民事侵权争议，可以迅速地制止侵权行为，但行政管理机关无权处理专利侵权的赔偿纠纷。行政机关在作出侵权认定后，可以应当事人的申请就赔偿数额问题进行调解；调解不成或达成调解协议后，一方又反悔的，受害人要弥补自己的损失就必须再向法院起诉，或者受害人预见到双方不可能协商解决赔偿数额问题，又想立刻制止侵权行为，就可以同时采用司法救济和行政救济两种方式。对于专利管理机关已经作出侵权或者不侵权认定的、当事人就赔偿问题提出民事侵权诉讼，法院是否可以根据行政决定所作出的侵权认定仅就赔偿数额问题进行审理，实践中有不同认识。有些“法院受理后，须按民事诉讼程序调查取证，认定侵权行为成立后，对赔偿数额作出裁判。这样，诉讼程序重复了行政程序中的部分工作，实际上是增加了案件的审理成本，浪费了有限的社会资源。”[3]
