根据俄罗斯财政部和相关仲裁法院的判决，外国公司总公司员工的出差费用也可以记为常设机构的支出，如果该员工直接参与常设机构所签合同的执行。
外国公司在俄罗斯缴纳利润税的适用税率
对于在俄罗斯有常设机构或者有来源于俄罗斯境内收入的外国公司，根据其收入的不同，俄罗斯法律规定了不同的税率：
24％－适用于外国公司通过常设机构进行一般活动获得的利润，有价证券交易利润，金融衍生品交易利润，转让俄罗斯组织（其50％以上资产由不动产构成）股份（股权）所得，转让不动产所得，其中的6.5％上缴联邦财政，而17.5％上缴联邦主体财政；
除非《俄罗斯联邦税法典》另有其他规定，否则外国公司在俄罗斯取得的所有收入缴纳利润税时一律适用24％的税率。
20％－适用于外国公司从俄罗斯取得的利润分配所得，特许权使用费，财产出租或者转租所得，融资租赁所得，因俄罗斯法人、个人国家机关和/或者地方自治机关违反合同义务而取得的违约金及罚金收入，以及其他类似收入；
15％－适用于外国公司从俄罗斯取得的股息所得、国家和地方发行有价证券的利息所得，上缴联邦财政；
10％－适用于外国公司进行国际运输时使用、保有或者出租船舶、飞机、集装箱或者其他运输工具而取得的收入，国际运输收入，上缴联邦财政；
9％－适用于外国公司取得的地方发行有价证券（2007年1月1日之前发行）的利息所得，上缴联邦财政；
对于在1997年1月20日之前发行的国家和地方债券等一些特定国家债券或者外汇借款所取得的利息收入，适用零税率。
上述税率是俄罗斯国内法律规定，但与此同时，根据俄罗斯与其他国家签订的避免双重征税协议，对有关收入可能规定了更为优惠的税率。比如，根据中国与俄罗斯签订的避免双重征税协定，对股息所得的征税不得超过10％。
如何处理与俄罗斯税务机关的纠纷
在如何认定外国公司的收入是否属于常设机构所得以及那些支出可以合理扣除等问题，鉴于俄罗斯与各个国家的避免双重征税都没有明确规定，所以，在具体认定时要根据俄罗斯的有关法律来进行，这一原则也得到了俄罗斯联邦最高法院的支持（俄罗斯联邦最高法院2003年3月18日第8349/02裁定）。
所以，当就常设机构应税所得与俄罗斯税务机关发生纠纷时，首先要参照俄罗斯税务主管机关和仲裁法院在实践中认定的一些具体标准来判断俄罗斯税务机关的要求是否合法、合理，然后再采取相应的措施予以应对。首先，要与税务机关积极沟通，以事实为依据，以法律为准绳，争取以俄罗斯主管机关的相关解释或者个案回复来理论。其次，如果在税务机关无法顺利解决，纳税人有权对税务机关的补税等处罚决定向俄罗斯仲裁法院提起诉讼，确认其作出的处罚决定无效。根据莫斯科市仲裁法院在2008年的统计，在与税务机关的诉讼中，大约有80％的案件税务机关未能胜诉。当然，对于外国公司而言，情况可能会复杂一些。第三，关于外国公司常设机构的税收问题，经常涉及到俄罗斯与外国公司来源国的税收主权问题，所以，当外国公司的合法权益受到俄罗斯税务机关的侵害时，应当积极向其来源国寻求政治支持。2004年，俄罗斯税务当局对中国国际航空公司莫斯科办事处1999年1月1日至2001年12月31日期间取得的国际运输收入补征有关税收，并冻结办事处帐户强行扣款，明显与两国之间的避免双重征税协定不符。在通过诉讼解决的同时，中国政府中国机关也采取对等措施予以支持。2004年5月28日，国家税务总局发出通知（《国家税务总局关于俄罗斯航空公司驻华办事处收入征收营业税的通知》）称，“在此情况下，民航总局经商外交部后致函我局，建议我局按对等原则征收所有俄罗斯指定空运企业在华办事处1999年1月1日至2001年12月31日间的营业税。为此，请各地税务机关立即对本地区俄罗斯指定空运企业办事处的收入及税收情况予以清查，对其在上述期间的业务收入按《中华人民共和国营业税暂行条例》的规定征收营业税”。最终，中国公司的利益得到了维护。
