鉴于此，建立健全国有独资企业经理层制度，应当做好如下几个方面：（1）建议引进CEO制度，协调好董事会和公司高管层之间的关系，使民主与效率结合，做到管理的专业化和责任的明晰化。（2）国有企业的属性决定了我们在解决内部人控制问题时所应采取的理性态度。通过强化出资人职能机构职责、改善董事会和监事会的结构和组成、增加外部董事和监事、理顺董事会和经理层的决策和执行机构的关系等，尽可能解决或减少内部人控制问题。（3）进一步改革国有企业人事制度，改革和完善人力资源市场和经理人市场，取消企业及其经营者的行政级别，实现企业的市场化、经营者的职业化。我国目前尝试面向海内外招聘国企高管，这是有益的尝试。对此，我们应当予以市场化、常态化和法治化。（4）进一步规范国企高管的薪酬，并予以法治化。根据国资委的相关文件，国企高管薪酬由基本年薪、绩效年薪和中长期激励三部分组成，绩效年薪将不超过基本年薪的三倍。鉴于国有独资企业，对企业高管不存在股票期权激励机制等。
三、如何协调处理“新三会”与“老三会”的关系
“老三会”是指党委会、职代会和工会，“新三会”是指股东会、董事会和监事会。这主要是针对国有独资公司和国有控股公司而言的。[5]这是一个本不应成为问题的老话题。这是中国国有企业改革转型时期及其特有的社会环境造成的问题。在体制转型时期，由于政治体制改革滞后于经济体制改革，在国有独资公司“政资不分”和“政企不分”的情况下，党的功能定位没有理顺的情况下，从而进一步加剧了“新老三会”各自角色定位不清、关系没有理顺，进而导致许多国有独资公司党委会取代股东会（出资人制度）和董事会现象，存在着党委书记兼董事长或总经理、纪委书记兼监事会主席等现象，也存在着党委会直接或变相间接地决定公司高管人选的现象。这不是简单的“兼职”问题，而是保留下来的“老三会”所带来的传统国企诟病侵蚀着现代公司治理机制，滋生内耗，影响并扭曲了“新三会”功能的正常发挥。[6]这是其一。其二，职代会与出资人制度关系不顺，滥用资产的“全民性”，结果导致职代会形同虚设，也使出资人职能无法到位，加剧所有者缺位。其三，职代会、工会与监事会相互关系不顺、职能不清，从而滋生内耗；而且工会行政化色彩过浓，民间自治性不足，没有成功转型为现代意义上的工会组织，结果不仅使职代会流于形式，也使工会和监事会形同虚设。
因此，要处理好“新三会”与“老三会”之间的关系，应当考虑如下几个方面：（1）在国有独资公司“政资”结构下，实现政企分开、党企分离；（2）规范出资人制度，明确出资人职能，合理定位党委会职能，避免政府主管部门和企业党委会不当干预，规范董事、经理和监事等的任免机制，由出资人、董事会按照公司法定程序和章程规定履行其相应职能；（3）建议逐步取消职代会，由工会履行其相应职能；同时，消除工会行政色彩，提高其民间自治性，还原本来面貌；（4）避免滥用资产的“全民性”，合理定位工会和监事会功能等。如果党委会、职代会（无论将来是否撤销）和工会摆正了角色定位、理顺了各自关系，完全可以发挥企业的各种政党组织和职工的正常监督作用，起到董事会和监事会有时无法替代的作用，强化公司治理的制衡机制，而这又依赖于我国的政治体制改革。
