（二）“法人财产独立与法人地位”之辩
其一，有学者针对“土地承包经营权出资额不计入合作社出资总额，仅计作分享利润和净资产、承担损失的依据”的观点提出，“既然《农民专业合作社法》确定农民专业合作社的财产由成员出资等构成，那么土地承包经营权出资额不计入农民专业合作社的成员出资总额的观点明显不符合法律规定。其二，农民专业合作社具有法人资格，根据法人制度原理，法人的独立财产是法人拥有的、独立于其创立人或成员的财产；拥有独立的财产也是法人区别于其他经济组织的主要根据之一。若土地承包经营权出资额不计入农民专业合作社法人的财产，那么，这样的‘法人’还是法人吗？”[10]经过仔细分析，这样的质疑是不能成立的。
首先，根据《农民专业合作社法》第12条“农民专业合作社章程应当载明下列事项：……（六）成员的出资方式、出资额”的规定，社员可以在不违法的情况下自由约定出资方式、出资数额，包括出资额是否计入合作社出资总额。而只有约定计入合作社出资总额的社员出资才能构成合作社的责任财产。这样的理解既遵循了合作社的“入社自由原则”和《农民专业合作社法》第12条赋予的章程自治，又不违反《农民专业合作社法》第4条第2款“农民专业合作社的财产由成员出资等构成”之规定。否则，土地承包经营权出资必须计入合作社出资总额，并成为合作社当然责任财产，那么合作社终止或社员退社时，还能退回入股土地吗？凭什么退回？毕竟按照上述学者的逻辑，无论是农业部《农村土地承包经营权流转管理办法》第19条“入股土地应当退回原承包农户”的规定，还是入股土地由“出资的原土地承包经营权人予以购回”，都违反了《农民专业合作社法》第4条第2款“社员出资应作为合作社责任财产”的规定。
其次，《农民专业合作社法》没有最低出资总额的限制，只要社员除了土地承包经营权入股以外还有其他财产出资，都不会影响合作社拥有独立的法人财产，更不会影响其法人的成立。何况有学者已经指出，“法人与股东的有限责任之间没有必然的联系……德国合作社法赋予了合作社的法人地位，但也允许章程约定社员是承担有限责任还是保证责任、无限责任”。[2]21-24。也就是说，如果出资人的出资成为法人的独立财产，是出资人承担有限责任的前提的话，那么其出资（如人股的土地承包经营权）不计入合作社的出资总额不能成为合作社法人的独立财产，该出资人（土地入股者）就应当承担保证责任或者无限责任；而无论社员承担保证责任还是无限责任都不应当影响合作社的法人地位。但是，考虑到土地入股者责任的可预测性及其人社的积极性，我国应当采取保证责任为宜—土地入股者对合作社的亏损在退回土地的出资额内承担保证责任。
