（二）地方性规范文件的分歧
除湖南、北京2010年施行的《实施＜中华人民共和国农民专业合作社法＞办法》以外，江苏、黑龙江、辽宁、山东、安徽2010年施行的《农民专业合作社条例》或《实施＜中华人民共和国农民专业合作社法＞办法》以及重庆、浙江、天津2009年颁布的规范性文件，均有土地承包经营权入股农民专业合作社的规定。与全国性规范文件基本反对物权流转说不同，地方性规范文件对土地承包经营权入股法律性质的界定则存在较大的分歧。通过比较、分析，可以将地方性规范文件对土地承包经营权入股性质的界定，大致归为以下模式：
1、可以推定为物权流转说的山东、浙江模式。山东省《农民专业合作社条例》和辽宁省《实施＜中华人民共和国农民专业合作社法＞办法》均将土地承包经营权作为与实物、知识产权一样的非货币财产出资。而2009年浙江省和天津市工商局与农业厅联合公布的同名《农村土地承包经营权作价出资农民专业合作社登记暂行办法》则清楚地规定：“章程和出资清单应明确记载成员出资总额中农村土地承包经营权作价出资的数额与比例”，即土地出资应当计入合作社出资总额，成为合作社法人的独立财产。同时，山东、辽宁、浙江和天津的上述文件又都没有类似于“合作社终止时，应当将入股土地退回原承包农户”的规定。因此，根据习惯性思维逻辑可以推定其采纳了物权流转说。
2、由物权流转说转向债权流转说的重庆模式。2007年重庆市工商行政管理局颁布《关于农村土地承包经营权入股设立公司注册登记有关问题的通知》规定：“以农村土地承包经营权出资的，应当选择注册资本分期到位的方式申请公司登记，在登记前应当完善财产权转移手续；以所分配的利润或者其他货币、实物、知识产权、土地使用权置换其已出资的农村土地承包经营权的，登记机关应予支持”，这明显体现了对土地承包经营权交换价值的支配，表明入股的土地承包经营权可以成为公司的法人财产，契合了物权流转说。然而，2009年重庆市农业委员会和重庆市工商局联合发布的《入股合作社的通知》却删掉了上述规定，也没有明确要求土地出资额必须计入合作社出资总额，（重庆市《入股合作社的通知》只规定：“章程和出资清单中应明确记载农村土地承包经营权出资入股的数额和比例”。）只是规定“合作社终止时，应当将入股土地退回原承包农户”。似乎重庆市的立法实践开始转向支配土地承包经营权使用价值的债权流转说。
3、直接反映债权流转说的江苏、黑龙江模式。江苏省《农民专业合作社条例》规定：“农民可以以承包地的经营权作为主要出资方式，设立相应的农民专业合作社”，黑龙江省《农民专业合作社条例》规定：“农民可以用其土地承包经营权的预期收益作价出资加入农民专业合作社”。而无论是以承包地的经营权出资还是以承包地的收益权（土地承包经营权的预期收益）出资，都只是对土地承包经营权使用价值的支配，入股农民仍然保留支配交换价值的承包权，契合了债权流转说。
4、无法准确判断物权流转说还是债权流转说的安徽模式。安徽省《实施＜中华人民共和国农民专业合作社法＞办法》第11条只规定：“农民可以以土地承包经营权入股，设立农民专业合作社，不得损害农民的土地承包权益”，却没有“将入股土地退回原承包农户”的规定，也不能辨别土地出资额是否与实物、知识产权出资一样计入合作社出资总额。因此，土地承包经营权入股合作社是否发生土地承包经营权的物权变动，无法准确判定。
