债权流转说虽然可以让农户分享土地增值，增加农民财产性收入，维护并强化农民基于土地的社会保障权，有利于实质公平正义与和谐的整体利益的实现，但是却面临着传统商法中法人财产独立、虚假出资或抽逃出资的诘问，以及仅以承包地的经营权入股的社员如何承担责任的质疑—是以货币和其他财产置换土地出资，还是允许合作社以“承租”或“转租”的方式将入股土地剩余入股期限内的使用价值予以变现呢？而且“允许合作社以‘承租’或‘转租’的方式将入股土地剩余入股期限内的使用价值予以变现”这种选择的存在，不仅说明上述债权流转说不必然导致入股土地因合作社终止而当然退回，还对合作社债权人和以其他财产出资的社员都极为不公平。例如，如果土地入股的社员退社或者合作社终止时，土地入股的期限刚好届满，且合作社经营亏损，按照这种选择岂不意味着土地入股的社员可以取回入股土地或完整的土地承包经营权而无须对合作社的债权人承担任何责任？结果势必导致以其他财产出资的社员为土地入股的社员承担垫付责任，或者影响债权人债权的实现。
二、土地入股法律性质的立法迷失：不同规范
性文件的梳理
土地承包经营权入股法律性质的理论争议，揭示了理论研究的不足，直接影响了制度供给的效率和质量，造成了全国性法律法规的缺位、地方性规范文件的分歧。而全国性法律法规的缺位和地方性规范文件的分歧，又反映了立法的迷失和制度的缺陷。
（一）全国性法律法规的缺位
《物权法》和《农村土地承包法》均没有家庭承包地入股法律性质的专门规定，但是都给出了禁止支配交换价值的农地抵押的理由—“如果允许农民用土地承包经营权进行抵押，则当债权到期，债务人又无力履行债务，从而实现抵押权时，会使农民丧失土地，势必重演历史上农村两极分化，出现大批无地少地农民的社会问题”，[11]显而易见，《物权法》和《农村土地承包法》应当不会支持可能导致农民失地的物权流转说。
《农民专业合作社法》与《农民专业合作社登记管理条例》亦无土地承包经营权入股的直接规定。但是，能否根据《农民专业合作社法》第4条第2款“农民专业合作社对由成员出资、公积金……享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任”的规定，理所当然地认为《农民专业合作社法》采纳了物权流转说呢？当然不能。毕竟，土地入股不同于一般的财产出资，否则2007年重庆的“土地新政”就不会引起全国的轰动，就不会被认为是土地的第三次革命。重庆市、浙江省也没有必要分别出台《关于以农村土地承包经营权入股发展农民专业合作社注册登记有关问题的通知》（简称《入股合作社的通知》）和《农村土地承包经营权作价出资农民专业合作社登记暂行办法》。江苏省2010年1月1日施行的《农民专业合作社条例》和安徽省2010年10月1日起施行的《实施＜中华人民共和国农民专业合作社法＞办法》更没有必要单独设置土地入股的专门条款。与全国性法律法规关于土地入股法律性质规定的缺位形成较大反差的是，农业部《农村土地承包经营权流转管理办法》第16条规定：“（家庭承包的）承包方依法采取转包、出租、入股方式将农村土地承包经营权部分或者全部流转的，承包方与发包方的承包关系不变，双方享有的权利和承担的义务不变”，第19条规定：“承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，但股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户”。很明显，这些规定都是直接以土地入股的债权流转说为立法基础的。
